[3]​[4]​ Este decreto ejecutivo, además de establecer dicha cátedra, prescribía que daría principio "por el estudio de la anatomía, debiéndose abrir el 15 del diciembre entrante", es decir, del año 1847.

Para impartir el conjunto de carreras que ofrece, la Facultad cuenta con dos escuelas.

Al finalizar cada ciclo se les otorgan reconocimientos a los alumnos de toda la facultad, por las notas que han presentado.

En ella se imparten diversas maestrías y especialidades médicas.

Estos programas académicos son impartidos tanto en los hospitales del Centro Médico Nacional (Rosales, Maternidad, Bloom, Psiquiátrico, San Juan de Dios en Santa Ana, y San Juan de Dios en San Miguel) y en los hospitales del Instituto Salvadoreño del Seguro Social.