En 1839 fue elegido Alcalde de San Salvador y al año siguiente fue Cirujano Mayor del Ejército Federal, un cargo que mantuvo hasta 1844.

[3]​[2]​ En 1845 desempeñó junto al presbítero don Narciso Monterrey una misión diplomática cerca del gobierno de Nicaragua con el objeto de reanudar las relaciones interrumpidas por la guerra del año pasado.

[3]​ La opinión pública estaba muy dividida por causa de los diversos candidatos sostenidos por distintos círculos, y por esto no hubo elección popular.

[3]​[5]​[7]​[2]​ Aguilar, no creyéndose apto para mandar y por creer no tener los ocho mil pesos exigidos por el artículo 11 de la constitución, renunció al cargo en el 17 de febrero.

En ese mismo día, unos emigrados de Honduras y Nicaragua bajo el mando del bandido Bernabé Somosa asaltaron las armas del estado en el puerto de La Unión y se apoderaron de un buque llamado Velóz que era propiedad del estado.

Este evento fue utilizado por opositores del gobierno salvadoreño, quienes trataron de atribuir complicidad al presidente Aguilar, para decir que la unión de Centroamérica era imposible.

Tras esto el ministro José María San Martín demostró que el gobierno no tuvo parte en los hechos de Somosa con una serie de documentos justificativos.

Por tanto, deseando fomentar el cultivo del café, el gobierno emitió un decreto en el 28 de mayo de 1846[10]​ que exceptuó de cargos concejiles por diez años a los que se dedicaban al cultivo del café y tuviesen un plantío de cinco mil pies o más; exceptuando también del servicio militar, por diez años, a los operarios que se ocupaban en el mismo cultivo.

El decreto también libró de todo derecho e impuesto la extracción del café cosechado por siete años.

[11]​ En el 2 de junio se emitió un decreto gravando los géneros que salen de El Salvador con un impuesto igual al que pagan en los otros estados centroamericanos.

[10]​ Para junio, el general José Escolástico Marín, que había fungido como presidente en 1842, estaba organizando una invasión al territorio salvadoreño desde la frontera de Honduras como parte de una rebellión en contra del gobierno.

[5]​ En este tiempo, el obispo Jorge de Viteri y Ungo era un crítico fuerte del gobierno liberal y atacaba al gobierno del presidente Aguilar.

En el 11 de julio, el obispo circuló una especie en que implicó que el gobierno iba a desterrarlo del país y dirigió una carta al presidente en la que escribió: El presidente Aguilar se sorprendió por la carta y se dirigió a la casa del obispo; ahí encontró un grupo de hombres y mujeres, y en la sala al obispo en conferencia con los alcaldes y varios vecinos de los barrios de Candelaria, La Vega y el pueblo de San Jacinto, a quienes había mandado llamar el obispo para instarlos a la rebelión.

[3]​[5]​[8]​ Los amotinados procedieron a asaltar la guardia de las cárceles en el edificio del cabildo, tomando armas capturando al oficial Eduviges Evangelino.

El oficial es lesionado gravemente y es conducido a la casa del obispo.

En el 24 de julio dirigió una proclama a los salvadoreños sobre los acontecimientos del 11 y 12.

[5]​ En el 27 de julio, decretó la imposición de penas a los que ataquen o traten de desvirtuar las leyes del país; este mismo día, el obispo Viteri abandona el territorio del país y se dirige a Honduras, donde se uniría al general Malespín con quien estaba ya en relaciones para intentar derrocar el país.

[3]​ El siguiente día emitió un decreto referente a evitar que las disposiciones del gobierno eclesiástico dadas fuera del Estado fomenten la división en el país.

[10]​ Viteri se refugió en Honduras, y allí promovió a Francisco Malespín para que tome cargo del gobierno de El Salvador.

En respuesta a este ataque, el presidente Aguilar emitió un decreto en el 3 de noviembre que autorizó a todos los habitantes del estado para que se armen y persigan a toda partida de facción presente en el territorio,[10]​ ofreció auxilio de parte del gobierno a los pueblos amenazados, dejó fuera de la protección de las leyes a todos los que se comprometieran a los facciosos, decretó que las personas que se comprometen con los facciosos serían juzgados militarmente dentro de 48 horas como en campaña y los convictos serían ejecutados, que serían tratados y juzgados como enemigos del estado los que nieguen al servicio y facultó al subinspector general de las armas del estado para que haga su defensa persiguiendo y haciendo perseguir a los facciosos.

[3]​ También en noviembre, hubo un levantamiento indígena en Santiago y San Juan Nonualco.

El general Nicolás Angulo ataca a los inurrectos y los derrota, el gobierno también mandó una expedición punitiva a los pueblos nonualcos bajo la comandancia del coronel Gerardo Barrios, que incendió al pueblo de Santiago Nonualco y fusiló a numerosas personas.

El presidente Aguilar asistió a su funeral acompañado de sus ministros y demás empleados públicos.

El día que se abrieron las sesiones, Eugenio Aguilar hizo una contestación al discurso del presidente, Doroteo Vasconcelos.

[26]​ En el terremoto del 16 de abril, su casa fue severamente dañada y en los temblores que siguieron fue destruida.

Cerca del presbiterio se levantaba una sencilla capilla ardiente que iluminaba el modesto sarcófago cubierto de negro crespón.

[31]​ A las 8 de la mañana empezó la lúgubre salmodia desempeñada en el coro.