[1]​ En San Salvador, en diciembre de 1808, contrajo matrimonio con María Felipa de Aranzamendi y Palomo, con quien engendró 11 hijos, llamados: José Bernardo, Salvador, Jacinta, Juana, Isabel, Clara, José María, Bernardo, Teresa, Delfina, y Ana.

Dicha elección se realizó en el año 1809, y en ella, Arce junto con los otros dos capitulares criollos (Domingo Durán, cuyo hermano Juan Francisco fue esposo de una hermana de los presbíteros y hermanos Aguilar; y Manuel Delgado, hermano del presbítero José Matías Delgado) dieron sus votos por José Matías Delgado, el presbítero Bernardo Pavón (rector de la Universidad San Carlos en 1808 y 1816) y Vicente de Aycinena (marqués de Aycinena), siendo este último el que fue elegido.

Mientras acontecía dicho movimiento independentista, se menciona que Arce dijo a las afueras del cabildo de la ciudad la frase:[5]​

El remanente de esta milicia abandonó San Salvador con Arce gravemente enfermo.

El resultado de las elecciones desconcertó a los liberales quienes aspiraban a dominar en el animo del gobernante, y Valle no era para ser dominado" ya que era un hombre de vasta instrucción.

Para esto contaron con la ayuda de los conservadores que no eran leales a Valle. "

Ambos entraron en arreglos, formaron una coalición que dio en tierra con la votación popular, y eligieron en el congreso...al General Arce, Presidente de Centro-América."

Renunció este cargo, y no le fue aceptada su renuncia: volvió a renunciar, y conocida por el Congreso su absoluta negación, tuvo que admitirle la renuncia, sustituyéndolo, primero, Don José Francisco Barrundia, y después por dimisión de este celebre centroamericano, con Don Mariano Beltranena.

"Si Valle hubiera aceptado la Vice-Presidencia, habría reconocido implícitamente, como válidos, procedimientos que juzgaba nulos".

Para las elecciones presidenciales centroamericanas de 1825 contó con el voto de todos los electores de Nicaragua, aunque la mayoría numérica correspondió al conservador hondureño José Cecilio del Valle, la fracción liberal del Congreso federal decidió que no había habido mayoría absoluta y le escogió como Presidente para el período 1825-1829.

El mismo José Cecilio del Valle, no aceptó la Vicepresidencia que le correspondía y en su defecto fue elegido el ciudadano José Francisco Barrundia quien tampoco la aceptó.

[14]​ No contento con la expulsión, les confiscó todos sus bienes los que utilizó en los siguientes años para financiar sus costosas campañas militares.

[14]​ Arce se exilió en México, donde escribió sus memorias, una valiosa fuente histórica para la década de 1820.

Las jefaturas del estado salvadoreño mantendrían pugnas con el gobierno federal en vista a buscar más autonomía, lo que llevaría a la invasión del territorio estatal y la caída de los mandatos de José María Cornejo en 1832 y Joaquín de San Martín en 1832 y 1834 respectivamente; por lo que en 1834 sería transferida la capital federal a la ciudad de San Salvador, por lo que sería el único estado que no asumió poderes soberanos hasta 1841, un año después de que los otros cuatro Estados miembros ya hubieran dejado la federación.

[5]​[15]​ En 1832 estuvo en Soconusco, México, donde organizó una expedición militar contra el gobierno federal de Francisco Morazán.

En abril y mayo de 1844 dirigió algunos intentos armados para derrocar a Francisco Malespín en El Salvador.

El funeral se conmemoró en la iglesia de San Francisco y fue sepultado en la iglesia de La Merced, una numerosa concurrencia asistió incluyendo al presidente Eugenio Aguilar, sus ministros y demás empleados públicos y se le hicieron los honores militares que correspondían a su grado.