Trasladó su residencia a la localidad salvadoreña de Chalatenango en 1819, en cuyas cercanías tenía varias haciendas dedicadas al cultivo de añil.

Sirvió entre 1826 y 1829 en el ejército salvadoreño, ganando el ascenso de Coronel.

San Martín nombró al capitán Ramón Belloso, para que encabezara las tropas destinadas a sofocar la insurrección indígena.

Como San Martín simpatizaba con el partido conservador, declaró la secesión del territorio salvadoreño de la Federación Centroamericana, a principios de 1834.

En 1840, de regreso en El Salvador, San Martín fue elegido diputado al Congreso Constituyente del Estado.