En su juventud, Prado se trasladó con su familia a la ciudad de San Vicente.

En 1811 apoyó al gobierno colonial durante el movimiento independentista.

Asimismo, declaró la guerra al gobierno federal en 1827, siendo invadido el territorio salvadoreño por las tropas leales a Arce.

Durante los siguientes dos años hubo frecuentes cambios en el curso del conflicto.

Finalmente, los liberales del Istmo, incluyendo a Prado, se unieron al general Francisco Morazán, quién tomó la Ciudad de Guatemala, capital de la Federación en 1829 y expulsó a los conservadores.