Debido a que tenía vocación por el comercio, en 1782 se trasladaría a estudiar a La Baliza (hoy Belice), donde su padre tenía relación con las casas comerciales; en ese lugar sería empleado de una casa comercial por 8 años, y aprendería inglés, francés, y la administración de una casa comercial.
En 1810 se trasladaría a San Vicente para dedicarse al comercio de añil.
Lo que sería aceptado el 4 de octubre, cuando se procedió a elegir el segundo triunvirato; para el cual sería designado Manuel José de Arce, pero al no encontrarse presente se nombró como suplente a Villacorta.
Don Juan Vicente Villacorta envió al General Manuel José Arce y Fagoaga con 500 hombres a Nicaragua para pacificarla, pues este país se encontraba en rebelión; el General Arce firmó el acuerdo con los sitiadores en "Las Cruces" en enero de 1825.
Después de estas victorias el General Arce regresó a San Salvador.
Siendo sepultado en la parroquia mayor de esa ciudad, hoy iglesia El Rosario.