[2] Estuvo en funcionamiento hasta 1875, en que fue convertido en el Instituto Nacional Central para Varones por el presidente liberal, general Justo Rufino Barrios como parte de las expropiaciones que los liberales guatemaltecos hicieron a las órdenes regulares y clero secular de la Iglesia católica en Guatemala para debilitar el poder político y económico que estos tenían.
[3] Un nuevo seminario tridentino fue fundado en 1898 cuando regresó el obispo Ricardo Casanova y Estrada de su exilio en Costa Rica, pero este no funcionó como institución media ni ocupó las antiguas instalaciones del original.
Las autoridades universitarias se opusieron al traslado a una nueva ciudad, debido a que todos los bienes de la institución estaban en la antigua capital del reino, y un traslado significaría una considerable pérdida económica; el edificio de la Universidad y del Colegio Tridentino, construidos por el Dr.
[9] No obstante, el Capitán ordenó el traslado a la capital y en 1776 el colegio empezó la enseñanza en la Nueva Guatemala de la Asunción.
Durante este período, sobre la base de los preceptos liberales anticlericales, se expropiaron numerosos bienes a las órdenes del clero regular de la Iglesia católica, ya que ésta era uno de los principales terratenientes y encomenderos conservadores; y se restringió el poder del clero secular y los arzobispos con la eliminación del diezmo obligatorio.
[12] El pensamiento de ambos intelectuales liberales, fuertemente anticlerical, quedó reflejado en las reformas liberales en educación y religión en Guatemala, y se resume en estas líneas escritas por Rosa en 1882: En marzo de 1897, el gobierno del general José María Reina Barrios otorgó una amnistía que permitió a algunos miembros del clero secular -incluyendo al arzobispo Ricardo Casanova y Estrada, exilado en Costa Rica desde 1888- regresar a Guatemala; entre quienes retornaron estuvo el sacerdote Ignacio Prado, quien fue nombrado como vicario general de la Arquidiócesis de Guatemala quien fundó el Colegio San José de los Infantes -llamado también colegio de letras sagradas y profanas- adjunto a la Catedral y fundó un nuevo Seminario Tridentino, que ha estado abierto desde entonces.