Con algunas piezas barrocas sobresalientes como el conjunto de "Los Justos" (San Joaquín, Santa Ana y la Virgen María niña).

[2]​ Al concretarse y ordenarse el traslado de la ciudad a su nuevo emplazamiento al Valle de la Virgen, Pedro Garci-Aguirre elabora los planos en 1797, y se enviaron a España para su aprobación, la cual fue rechazada por considerar muy ostentoso el proyecto.

Sin embargo, cuatro años después -cuando el dinero de las limosnas se agotó- los recoletos acudieron a las autoridades gubernamentales y al arzobispo Ramón Casaus y Torres a solicitar fondos, pero éstos tampoco tenían.

[3]​ Tras la Independencia de Centroamérica en 1821, los criollos centroamericanos formaron dos partidos radicales con diferencias irreconciliables: los liberales y los conservadores.

Los liberales perseguían la eliminación del poder político y económico de la Iglesia Católica y de los aristócratas guatemaltecos del Clan Aycinena, mientras que los conservadores aspiraban a mantener los privilegios que tenían durante la colonia española.

La iglesia fue convertida en parroquia, a cargo de los miembros del clero secular y del arzobispo, quienes también vieron su influencia política y económica reducida cuando el gobierno de Justo Rufino Barrios prohibió el diezmo obligatorio.

[14]​ El resto del conjunto monumental de La Recolección fue utilizado entonces para fines gubernamentales, siendo fundada la Escuela Politécnica en sus instalaciones.

Nuevamente se perdieron obras de arte y alhajas del templo, al punto que desde 1829 a 1917 se perdieron todos los retablos, la mayor parte de las imágenes y casi todas las pinturas que habían trasladado los recoletos desde la Antigua Guatemala.

La portada principal estaba sobre la tercera calle poniente y muchos cipreses adornaban los jardines.

[17]​ El gobierno del presidente Manuel Estrada Cabrera fue incapaz de reconstruir la ciudad[18]​ y el templo quedó destruido por varios años.

Los religiosos obtuvieron una licencia para colocar una capilla provisional ante la puerta principal del templo para poder realizar los actos litúrgicos.

[21]​ En la fachadas las columnas principales estaban en buen estado y los trabajos de restauración se hicieron rápidamente gracias al apoyo de los feligreses y por las gestiones del padre Leonardo García Aragón ante el gobierno del general Kjell Eugenio Laugerud García, que a diferencia de Estrada Cabrera, manejó la recuperó la recuperación del país eficientemente.

Su fachada está compuesta por dos cuerpos, tres calles y un remate central, además de unos sobrios campanarios.

Estas sostienen un entablamento compuesto por un arquitrabe de tres franjas, un friso liso y una cornisa ondulante.

Este conjunto sostiene un frontón quebrado, desfasado del eje, que da movimiento y dinamismo al frontispicio.

La cúpula del crucero muestra al exterior un sobrio tambor decorado con pilastras de orden toscano, un sencillo entablamento que sostiene un domo de media naranja decorado con franjas que finalizan en una linterna tapiada.

[25]​ De acuerdo a Rodas, los tres Nazarenos tienen una posición similar de la mano, la mirada, muestran un singular movimiento girado en los hombros y la posición coincidente del rostro, que son patrones que permiten ser atribuidas al mismo tallador.

Un año más tarde, se le cambió la cabellera de rizos -que le acercaba a los patrones barrocos españoles- por otra lacia, con el objeto de darle un efecto más natural y acentuar el espíritu romántico francés.

En 1933, salieron por primera vez en Guatemala ocho romanos, pero los trajes se deterioraron por no tener almacenamiento adecuado.