[1] De esta guerra civil en la región emergió la figura dominante del general liberal hondureño Francisco Morazán.
Milla ordenó el avance y, sin tregua, se enfrentó a las tropas hondureñas bajo un intenso fuego.
José Justo Milla tomó el control de la jefatura; mientras el General Morazán logra salir de la capital junto a los oficiales Coronel Remigio Díaz y Coronel José Antonio Márquez, llegando a Tegucigalpa.
Francisco Morazán, con un salvoconducto llega hasta Choluteca, al sur de Honduras.
Seguidamente se traslada a León, en Nicaragua el 15 de septiembre de 1827 donde su amigo el General José Anacleto Ordóñez conocido como "Cleto" Ordóñez, le proporciona 135 hombres; luego se le agregan soldados salvadoreños al mando del Coronel José Zepeda.
Por su parte la fuerza reservista aliada al mando del Coronel José María Gutiérrez Osejo y el Capitán Francisco Ferrera, no les fue posible entrar en acción.
Morazán luchó en la Batalla de La Trinidad venciendo a Milla e instaló un nuevo gobierno.
Después de su victoria en 'La Trinidad', Morazán surgió como el líder del movimiento liberal y llegó a ser reconocido por sus habilidades militares en toda América Central.
Los salvadoreños exigieron la restitución de los antiguos líderes políticos, pero el presidente Manuel Arce argumentó que esta medida era necesaria para restablecer el orden constitucional.
El campo quedó sembrado de cadáveres, prisioneros, armas, municiones y equipaje.
Esta fue la combinación de fuerzas que se unieron a Morazán en su lucha contra las tropas federales.
El 6 de julio, Morazán derrotó a las tropas el coronel Vicente Domínguez en la hacienda El Gualcho.
El coronel y sus tropas marchaban con rumbo a territorio hondureño, cuando fueron interceptados por los hombres de Morazán en San Antonio.
[5] Derrotado el ejército guatemalteco por las fuerzas invasoras del general hondureño Francisco Morazán, Irisarri fue hecho prisionero y solo se salvó de morir cuando un soldado abogó por su persona; fue enviado a pie hasta San Salvador atado de brazos, en donde permaneció preso por nueve meses.
Aycinena, al ver que no conseguía una solución pacífica, escribió a sus conciudadanos: Con el mayor sentimiento, me veo en la necesidad de anunciaros: que todos los esfuerzos del supremo gobierno nacional, y de las autoridades del Estado, por el restablecimiento de la paz, han sido inútiles: los que llevan la voz y se han apoderado del mando en S. Salvador, tienen interés en prolongar la guerra; porque ella sirve á sus miras personales, y les importa muy poco la suerte de los pueblos.
Las operaciones militares en la capital comenzaron con pequeñas escaramuzas en frente de las fortificaciones del gobierno.
[11] Debido a esta derrota Morazán levantó el asedio de la ciudad y concentró sus fuerzas en la Antigua.
[14] No contento con la expulsión, les confiscó todos sus bienes los que utilizó en los siguientes años para financiar sus costosas campañas militares.