Su gobierno siguió una línea progresista, a través de la cual organizó el estado hondureño.

[2]​ Además, trató de fomentar la agricultura, la industria y la inmigración, entre otras cosas.

Su gobierno siguió una línea progresista, a través de la cual organizó el estado hondureño.

Además, trató de fomentar la agricultura, la industria, y la inmigración entre otras cosas.

En 1834 fue elegido Jefe Supremo de Estado del Salvador, pero no aceptó su nombramiento.

Ésta fue incendiada por sus opositores políticos, al considerar que estaba compuesta por "libros herejes".

Sin embargo, ésta se terminaba ya dentro de un año, con la caída del emperador Agustín I.

Es notable la abolición de la esclavitud, décadas antes que lo hicieran Rusia en 1861 y los Estados Unidos en 1863.

Durante su gobierno se decretó la primera división territorial de Honduras al crearse los primeros siete departamentos: Choluteca, Comayagua, Gracias (hoy día es el departamento de Lempira), Santa Bárbara, Olancho Tegucigalpa, y Yoro.

Al fracasar el atentado, Irías fue puesto bajo arresto domiciliario por orden de Herrera.

Sin embargo, logró escapar, sublevando la población en varias partes rurales, haciendo con que sus partidarios apoyaran el movimiento clerical en Tegucigalpa (donde ocurrió un intento fallido por apoderarse del cuartel, en enero de 1827), Gracias, "Los Llanos" era Santa Rosa de Copán antes, Santa Bárbara y Olancho.

El Gobierno tuvo que enfrentar una verdadera guerra, mandando tropas para poder combatir la rebelión clerical.

Arce había disuelto en octubre de 1826 el Congreso y el Senado intentando establecer un sistema centralista o unitario, aliándose con los conservadores, por lo que se quedó sin el apoyo de su partido, el liberal.

[8]​ En 1830 el Gobierno Federal del Presidente Morazán envió a Herrera como pacificador al Estado de Nicaragua, dominado por la anarquía y la guerra civil.

En 1833 algunas municipalidades del país se opusieron al Gobierno Federal, exigiendo la renuncia de Herrera.

[16]​ Con su regreso, los conservadores no tardaron en iniciar una sublevación en varias poblaciones donde ejercían influencia, entre éstas, Managua, Masaya, Matagalpa, Metapa, Chocoyos y Nandaime.

Antes que terminara el período de su gobierno, la Asamblea emitió decreto aprobando su conducta y declarando legal su autoridad.

Desde 1897 sus restos descansan en la Iglesia El Rosario localizada en el Centro histórico de San Salvador.

El "Parque Herrera"[23]​ en Tegucigalpa, lleva su primer apellido y posee un busto de mármol del exmandatario.