Fue convocada una Asamblea Constituyente del 16 de septiembre de 1824 en la que se efectuó la unión Comayagua y Tegucigalpa y se eligió al Licenciado Dionisio de Herrera como Primer Jefe del Estado de Honduras y como vicejefe fue elegido el Teniente General José Justo Milla.Arce había disuelto en octubre de 1826 el Congreso y el Senado intentando establecer un sistema centralista o unitario aliándose con los conservadores, por lo que se quedó sin el apoyo de su partido, el liberal.Como resultado, se produjo un conflicto entre el Gobierno Federal y los Estados, pronunciándose en contra Dionisio Herrera y Mariano Prado, Jefe del Estado del Salvador.Dionisio de Herrera fue hecho prisionero y enviado a Guatemala, donde permaneció en prisión a lo largo de dos años.El 15 de marzo de 1829 el General Francisco Morazán y su ejército fue interceptado por las tropas federales del coronel Prado en el rancho de Las Charcas, Morazán, con una posición superior, aplastó al ejército de Prado, Posteriormente, Morazán se movilizó a recuperar sus antiguas posiciones en Pínula y Aceytuno, y ponerle nuevamente sitio a la ciudad de Guatemala liberando finalmente a Dionisio de Herrera.
En 1827 el presidente federal
Manuel José Arce y Fagoaga
se alió al partido conservador traicionando a los liberales e invadió Honduras y El Salvador, propiciando así la Guerra civil.
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