Mariano de Aycinena y Piñol

Tras ser expulsado junto con su familia y correligionarios en 1829 por Francisco Morazán regresó a Guatemala tras el triunfo del general Rafael Carrera en donde dejó los asuntos políticos del Clan Aycinena en manos de Juan José de Aycinena y Piñol.

[4]​ De esta forma se inició una guerra civil en la región, ya que los criollos liberales no querían que el Clan Aycinena siguiera en el poder; de la guerra civil emergió la figura dominante del general hondureño Francisco Morazán.

Como miembro del partido conservador, restituyó los diezmos obligatorios para la clero secular de la Iglesia Católica.

[6]​ Como el sitio se prolongaba, hubo quejas en Guatemala sobre la situación y el gobierno nombró a Manuel Francisco Pavón Aycinena como comisionado del gobierno para negociara la paz con José Matías Delgado, comisionado salvadoreño, en la casa de un ciudadano de apellido Esquibel; Pavón y Aycinena llegó a Mejicanos en mayo e inició las pláticas en junio de 1828.

[9]​ Aycinena, al ver que no conseguía una solución pacífica, escribió a sus conciudadanos: «Con el mayor sentimiento, me veo en la necesidad de anunciaros: que todos los esfuerzos del supremo gobierno nacional, y de las autoridades del Estado, por el restablecimiento de la paz, han sido inútiles: los que llevan la voz y se han apoderado del mando en S. Salvador, tienen interés en prolongar la guerra; porque ella sirve á sus miras personales, y les importa muy poco la suerte de los pueblos.

Las operaciones militares en la capital comenzaron con pequeñas escaramuzas en frente de las fortificaciones del gobierno.

[9]​ Morazán estaba decidido a acabar con la hegemonía de los aristócratas y eclesiásticos guatemaltecos, no aceptó ningún trato.

Rafael Carrera trajo al Clan Aycinena de vuelta a Guatemala.

Marzo 19: Francisco Morazán llegó a Ciudad de Guatemala y la atacó con más de 1500 soldados (los 1000 anteriores ya habían sido disueltos y los 1500 fueron reclutados), los generales de Guatemala durante la batalla fueron Rafael Carrera y Mariano de Aycinena, Rafael Carrera hizo que solo estuvieran a vista 400 soldados, cuando en realidad eran 1,000 (los otros 600 estaban escondidos en los barrancos), entonces Francisco Morazán atacó y logró derrotar a muchos, pero los otros 600 atacaron de sorpresa y lograron derrotar a Francisco Morazán dejándolo con mínimo unos 800 soldados.

El 26 de abril, desde su prisión, Aycinena dirigió una carta a Morazán, en la que protestaba por la ruptura del pacto.

[14]​ Regresó a Guatemala con el triunfo del general Rafael Carrera en 1840 pero se retiró de la política, dejando el control del Clan Aycinena a Juan José de Aycinena y Piñol.