Pensador duramente criticado por los historiadores liberales[1][2] por su relación con el gobierno conservador de los treinta años del general Rafael Carrera que eliminó la posibilidad de conseguir la unión centroamericana que pretendían los liberales,[1][2], su participación en dicho gobierno ha sido expuesta en forma más objetiva por investigaciones realizadas entre 1980 y 2010[3][4][5].
[7] Aficionado al Derecho, tenía talento oratorio y escribió más de veinte obras.
Su pensamiento cobró durante esos años nuevos tintes; probablemente fue en Estados Unidos donde concibiera la posibilidad de crear una república confesional.
Tras la victoria de Morazán en 1829 que derrocó a su tío Mariano de Aycinena y Piñol, tuvo que salir al exilio junto con los miembros del Clan Aycinena.
Los primeros setenta y seis colonos arribaron junto con los fusiles prometidos y los primeros sacerdotes jesuitas que regresaban a Guatemala desde 1765; el representante de la colonia, Remy de Puydt prometió que otros setecientos colonos arribarían en los próximos meses e iniciarían los trabajos a que se comprometió para obtener la concesión.
[16] Pero las condiciones del área eran inhóspitas y empezaron a mermar rápidamente la salud de los belgas.
Junto a otros intelectuales del Clan Aycinena de Guatemala, como Manuel Francisco Pavón Aycinena y Luis Batres Juarros, favoreció la incursión militar del caudillo Rafael Carrera.
Cuando este último consolidó su gobierno, Aycinena colaboró como diputado de la Asamblea Constituyente.
En 1844 José Milla y Vidaurre -entonces miembro del partido liberal- le escribió este himno crítico y mordaz al teniente general Rafael Carrera, himno que los liberales se memorizaron de tanto repetir, a pesar de su escasa calidad poética:[22] Himno Patriótico, en loor del Excelentísimo Teniente General, R. Carrera Jefe del Ejército, etc. con motivo de la expedición salvadoreña: Quia pulvis es, et in pulverem reverteris Porque eres polvo, y en polvo te convertirás General, director, héroe, caudillo;Arcángel, qué sé yo cómo te llaman.Entre bordados mal envuelto pilloYa los pueblos, de ti venganza claman.
Por medio de este tratado, -el cual fue diseñado por el líder del Clan Aycinena, Dr. y clérigo Aycinena y Piñol[5]- Guatemala otorgaba la educación del pueblo guatemalteco a las órdenes regulares de la Iglesia Católica, se comprometía a respetar las propiedades y los monasterios eclesiásticos, autorizaba el diezmo obligatorio y permitía que los obispos censuraran lo que se publicaba en el país; a cambio de ello, Guatemala recibía gracias para los miembros del ejército, permitía que quienes hubiesen adquirido las propiedades que los liberales habían expropiado a la Iglesia en 1829 las conservaran, percibía impuestos por lo generado por las propiedades de la Iglesia, y tenía el derecho de juzgar con las leyes guatemaltecas a los eclesiásticos que perpetraran crímenes.
[24] A solicitud del presidente Rafael Carrera, en 1859 fue consagrado Obispo in partibus de Trajanópolis.