[1][2] Opuesto a las ideas independentistas, porque estaban en conflicto con sus intereses familiares, Pavón y Muñoz no participó e asuntos públicos después de 1809, esperando un mejor momento para asegurar sus intereses luego de que la situación se hubiese calmado.
[9] Pavón tuvo contacto con los futuros liberales y conservadores y era conocedor de las nuevas corrientes liberales que circulaban por América, pero no las defendía ni practicaba por ser opuestas a sus intereses particulares.
[2] Pavón y Aycinena no fue un alumno sobresaliente y cuando se recibió de abogado en 1819, realizó una pasantía en el bufete del abogado Talavera, quien era agente fiscal de la Real Audiencia.
[12] El Congreso Federal que presidía tuvo que escoger al presidente de la República Federal de Centro América entre Manuel José Arce y Fagoaga y José Cecilio del Valle.
[11] Cuando Aycinena se hizo cargo del estado guatemalteco, la ciudad de Guatemala estaba en peligro de ser tomada por los mercenarios franceses Isidoro Saget y Nicolás Raoul, que servían a los liberales centroamericanos.
[11] Como el sitio se prolongaba, hubo quejas en Guatemala sobre la situación y el gobierno nombró a Pavón y Aycinena como comisionado del gobierno para negociara la paz con José Matías Delgado, comisionado salvadoreño, en la casa de un ciudadano de apellido Esquibel; Pavón y Aycinena llegó a Mejicanos en mayo e inició las pláticas en junio de 1828.
[15] Por intermedio del general Verveer, embajador de los Países Bajos para Centroamérica, se logró que se celebrara una conferencia de paz en la hacienda de Ballestera, con Morazán, el Sr. Verveer, y Manuel Francisco Pavón Aycinena, en representación de la asamblea del Estado; pero no se llegó a ningún acuerdo porque aunque Pavón y Aycinena ofreció que se iban a retirar todos los miembros del gobierno estatal y federal, Morazán —que estaba dispuesto a acabar con el régimen aristocrático y eclesiástico de Guatemala— exigió que además se pusieran a su disposición incondicionalmente.
[15] Morazán declaró nula la capitulación que había firmado con Pavón y Arzú y ordenó confiscar todos los bienes de los capturados; finalmente sesenta y un miembros del Clan Aycinena fueron enviados a Sonsonate, en donde se embarcaron el 29 de agosto de 1829 hacia Panamá, en la goleta «General Hidalgo».
[19] Morazán entonces le encomendó a Pavón y Aycinena la jefatura política de Antigua Guatemala.
[21] Tras varios intentos infructuosos de tomar la Antigua Guatemala, la Ciudad de Guatemala y Quetzaltenango, Carrera fue cercado y herido y tuvo que capitular ante el general mexicano Agustín Guzmán, comandante en jefe del ejército liberal del Estado de Los Altos —a quien Manuel Francisco Pavón fue a pedir ayuda tras el ataque de los campesinos a Antigua Guatemala, y aconsejó sobre como debía tratar con Carrera.
[18] Los tres firmaron el «convenio del Rinconcito» por el cual Morazán no pudo fusilar a Carrera, pues necesitaba del apoyo del campesinado guatemalteco para poder contrarrestar los ataques de Francisco Ferrera en El Salvador; en lugar de eso, se vio obligado a nombrarlo como jefe militar de Mita, pero sin armas; cuando estaba en Mita, Ferrera lo invitó para reunirse, a lo que accedió; sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador, decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas y municiones.
Incluso, para demostrar a Carrera que ni se le temía ni se le desconfiaba, retiró las fortificaciones que había en la capital guatemalteca desde la batalla de Villa Nueva.
[21][22] Ya sin Salazar, Carrera restituyó a Mariano Rivera y Paz, como gobernador de Guatemala; Rivera Paz a su vez lo nombró general en jefe del Ejército aunque en realidad era Carrera quien tenía el mando absoluto en Guatemala y se constituyó en un fuerte aliado de Ferrera.
[23] En 1844 José Milla y Vidaurre -entonces miembro del partido liberal- le escribió este himno crítico y mordaz al teniente general Rafael Carrera, himno que los liberales se memorizaron de tanto repetir, a pesar de su escasa calidad poética, y en el que se menciona a Pavón Aycinena:[24] General, director, héroe, caudillo;Arcángel, qué sé yo cómo te llaman.Entre bordados mal envuelto pilloYa los pueblos, de ti venganza claman.
La existencia del Sexto Estado todavía se prolongó hasta el 8 de mayo de 1849, cuando el general Guzmán fue a entrevistarse con representantes del presidente Paredes a la Antigua Guatemala, momento que fue aprovechado por Rafael Carrera para tomar Quetzaltenango y quedarse en la plaza; para entonces, Carrera ya contaba con el apoyo militar del Corregidor de Suchitepéquez, José Víctor Zavala.
Al trasladarse definitivamente a su nuevo solar la Plaza Mayor, el sitio original pasó a ser conocido como la Plaza Vieja, y siguió sirviendo como parque, estaba rodeada de una banca que hacía también las veces de baranda, y cinco grandes puertas de acceso -tres para peatones y dos para carruajes.
Pero la situación política del país con constantes guerras civiles entre liberales y conservadores y un alzamiento indígena dirigido por Rafael Carrera que terminaron por derrocar a Gálvez en 1838, no permitieron que se construyera el teatro.
[33] El proyecto fue retomado en 1852 cuando Juan Matheu y Pavón Aycinena presentaron a Rafael Carrera un nuevo plan.
Cuando la obra se puso en marcha, estuvo a cargo del ingeniero Miguel Rivera Maestre, pero éste renunció poco después, siendo sustituido por José Beckers, profesional especializado en Alemania, quien construyó las fachadas de marcado helenismo y agregó un vestíbulo.