Los criollos del Partido Liberal lo acusaban de ser un militar analfabeto, y se decía que firmaba con el nombre «Racaraca», nombre por el cual pasaría a ser conocido por los guatemaltecos luego de la Reforma Liberal en 1871.

[1]​ Fue un estratega militar que venció a El Salvador y Honduras en la Batalla de La Arada.

Con esta medida Guatemala pudo iniciar sus acciones como Estado soberano y entablar relaciones con las potencias europeas.

[5]​ Morazán entonces le encomendó a Pavón y Aycinena la jefatura política de Antigua Guatemala.

[4]​ Los tres firmaron el «convenio del Rinconcito» por el cual Morazán no pudo fusilar a Carrera, pues necesitaba del apoyo del campesinado guatemalteco para poder contrarrestar los ataques de Francisco Ferrera en El Salvador; en lugar de eso, se vio obligado a nombrarlo como jefe militar de Mita, pero sin armas; cuando estaba en Mita, Ferrera lo invitó para reunirse, a lo que accedió; sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador, decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas y municiones.

[9]​ Barrundia y Mariano Gálvez también huyeron antes de la llegada de Carrera; las hordas del líder campesino fueron a buscarlos a sus casas pero ya no los encontraron; otros como la familia del doctor Pedro Molina Mazariegos, José Bernando Escobar y otros declarados líderes anticlericales tuvieron que asilarse irónicamente en parroquias y casas particulares para escapar de la persecución.

[15]​ Al mediodía del 20 de enero de 1840, Carrera se dirigió a la frontera con el Estado de Los Altos para esperar al enviado del estado altense con la ratificación del ultimátum y el cargamento de armas;[16]​ mientras esperaba, arengaba a sus tropas diciéndoles que el enemigo liberal todavía tenía a Quezaltenango sumido en la opresión y la tiranía y que, junto con San Salvador, era el único obstáculo para que retornaran a sus hogares.

[18]​ Carrera impuso un régimen duro y hostil para los liberales altenses, pero bondadoso para los indígenas de la región —derogando el impuesto personal— y para los eclesiásticos restituyendo los privilegios de la religión católica; llamando a todos los miembros del cabildo criollo les dijo tajantemente que se era bondadoso con ellos por ser la primera vez que lo desafiaban, pero que no tendría piedad si había una segunda vez.

[21]​ En Guatemala, los salvadoreños sobrevivientes fueron fusilados sin piedad, mientras Carrera estaba fuera en persecución de Morazán, a quien no logró darle alcance.

Para agosto de 1848 Serapio Cruz (conocido como «Tata Lapo») asaltaba el Quiché promoviendo revueltas en contra del gobierno; había revueltas en el oriente del país; los liberales y conservadores se mantenían en constante pugna, y en medio de todo esto, el presidente Carrera se dio cuenta de que su prestigio se esfumaba y que era conveniente renunciar, lo que hizo con el siguiente manifiesto a la Asamblea Legislativa: «Estoy resuelto a no permanecer más tiempo en la capital y a trasladarme a un país extranjero.

Suplico a los señores representantes que, en recompensa por mis cortos servicios, se sirvan hacer el sacrificio de mantenerse en sesión permanente hasta admitir mi renuncia y nombrar quién me suceda.

[35]​ Al saber la noticia, y al enterarse del masivo apoyo de las diferentes etnias indígenas al general Carrera, el presidente Mariano Paredes, tras mucho deliberar con liberales y conservadores, finalmente siguió el consejo del conservador Luis Batres Juarros, quien le hizo ver que combatir a Carrera era abrir un frente en el occidente del país, y dispuso revocar la pena de muerte sobre Carrera y nombrarlo comandante general de las Armas, con autorización para atender a la pacificación de los pueblos conmovidos en el oriente del país, y para dirigir las operaciones militares de la manera que lo creyere conveniente.

Paredes y Juarros tenían presente también la Guerra de Castas que estaba enfrentando a los nativos contra los criollos en Yucatán.

Había estallado la guerra que duró 54 años y no concluyó oficialmente sino hasta 1901, aunque los problemas de fondo que la originaron continuarían siendo motivo de inquietud social hasta bien entrado el siglo xx.

Un año después, en 1848 la guerra de castas había cundido por toda la península y parecía por momentos que los indígenas lograrían exterminar a la población blanca.

El ya gobernador Miguel Barbachano y Tarrazo se vio obligado a solicitar apoyo militar al gobierno de México que a la sazón se encontraba sufriendo las consecuencias de la intervención norteamericana, conflicto en el cual Yucatán había decidido (por un acuerdo entre Santiago Méndez Ibarra y Miguel Barbachano, líderes políticos que estuvieron en pugna la mayor parte del tiempo) permanecer neutral.

[37]​ El gobernante salvadoreño Doroteo Vasconcelos dio asilo a los liberales guatemaltecos, entre quienes estaba José Francisco Barrundia quien fundó un periódico para atacar a Carrera, aprovechando hechos como el del atentado del Marimbero.

Vasconcelos alimentó, durante todo un año a la facción rebelde «La Montaña», en el oriente de Guatemala distribuyendo dinero y armas entre los sublevados.

Por medio de este tratado, -el cual fue diseñado por el líder del Clan Aycinena, Dr. y clérigo Juan José de Aycinena y Piñol[48]​- Guatemala otorgaba la educación del pueblo guatemalteco a las órdenes regulares de la Iglesia Católica, se comprometía a respetar las propiedades y los monasterios eclesiásticos, autorizaba el diezmo obligatorio y permitía que los obispos censuraran lo que se publicaba en el país; a cambio de ello, Guatemala recibía gracias para los miembros del ejército, permitía que quienes hubiesen adquirido las propiedades que los liberales habían expropiado a la Iglesia en 1829 las conservaran, percibía impuestos por lo generado por las propiedades de la Iglesia, y tenía el derecho de juzgar con las leyes guatemaltecas a los eclesiásticos que perpetraran crímenes.

Entre tanto, os recomiendo la más estrecha unión con vuestros hermanos de El Salvador, Honduras y Costa Rica para llevar a cabo la obra común de lanzar del país a los que, sin derecho alguno, han venido a mezclarse en nuestras disenciones y a amenazarnos con la más oprobiosa servidumbre.» El área que ocupa Belice en la península de Yucatán nunca fue ocupada por España o Guatemala, aunque España efectuó algunas expediciones exploratorias en el siglo xvi que le sirvieron de base para luego reclamar el área como suya;[55]​ Guatemala simplemente heredó ese argumento para reclamar el territorio, pese a que nunca envió expediciones al área luego de la independencia debido a las guerras que se produjeron en Centroamérica entre 1821 y 1860.

[g]​[56]​ Cuando llegó Rafael Carrera al poder en 1840 luego del triunfo de la revolución, no solamente no continuó con los reclamos sobre el territorio beliceño, sino que estableció un consulado guatemalteco en la región para velar por los intereses de Guatemala en ese importante punto comercial.

[55]​ El comercio beliceño fue preponderante en la región hasta 1855, en que los colombianos construyeron un ferrocarril transoceánico en Panamá en 1855, permitiendo que el comercio fluyera más eficientemente en los puertos del Pacífico guatemalteco; a partir de este momento, Belice empezó a declinar en importancia.

[55]​ Cuando se inició la Guerra de Castas en Yucatán -alzamiento indígena que dejó miles de colonos europeos asesinados- los representantes beliceños y guatemaltecos se pusieron en alerta; los refugiados yucatecos llegaban huyendo a Guatemala y a Belice e incluso el superintendente de Belice llegó a temer que Carrera -dado su fuerte alianza con los indígenas guatemaltecos- estuviera propiciando las revoluciones indígenas en Centroamérica.

[54]​ Hubo algunas protestas del cónsul estadounidense en Guatemala, Beverly Clarke, y de algunos diputados, pero el asunto se dio por terminado.

Los autores liberales como Alfonso Enrique Barrientos[70]​ describen así el gobierno del Mariscal Cerna: «Un gobierno conservador y retrógrado, mal organizado y peor intencionado, piloteaba el país, centralizando los poderes en Vicente Cerna, mílite ambicioso que, no contento con ostentar el grado de general, se había autoascendido a Mariscal, o obstante que ese grado no existía ni existe en la organización militar guatemalteca.

[71]​ Ante estas afirmaciones, algunas observaciones son necesarias: Durante su gobierno se persiguió y se castigó con la cárcel y el destierro a los miembros del partido liberal que encabezaban la oposición, entre los que estaban los iniciadores de la Revolución Liberal de 1871.

[71]​ Finalmente, el presidente mexicano Benito Juárez envió refuerzos a las tropas estacionadas en Chiapas hasta Guatemala, comandadas por Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios.

Ya con el título de Bachiller en filosofía, se emprendían nuestros estudios mayores que solamente eran tres: clérigo, abogado o médico.

Con un poco de aplicación, fortuna e influencias, los sacerdotes seculares podían obtener un buen curato, lo que les representaba renta cuantiosa, buena casa, criadas, regalos, dominio absoluto sobre los feligreses, y participación activa en el gobierno del lugar.

Basados en esta doctrina, los teólogos de la universidad eran intolerantes, y en los círculos dominantes predominaban las ideas que hicieron de Guatemala el país más teológico y reaccionario a los cambios del positivismo en América.