Al referirse universalmente a este "Ejército Aliado Protector" inseparablemente se tiene que hacer mención de su artífice el hondureño Francisco Morazán.Morazán regresó con 300 hombres y en la hacienda "La Maradiaga" entró en combate con las tropas federales a las cuales venció, pero no pudo avanzar hasta Comayagua.Un 11 de septiembre de 1842, surge un levantamiento en Alajuela siendo los cabecillas el general Antonio Pinto y el coronel Florentino Alfaro, quienes enfrentan a las fuerzas del Ejército Aliado, reducidos y derrotados las fuerzas del general Morazán, este logra huir hacia Cartago y busca ayuda donde Pedro Mayorga, quien le traiciona vilmente.Tras la ejecución de Francisco Morazán en San José, Costa Rica en 1842, la filosofía liberal continuó con sus oficiales del Estado Mayor, más no así con el pensamiento general de la política centroamericana.La base del ejército era el grueso de su infantería, contaba con una caballería liviana y rápida y una artillería, en una oportunidad se usó la fuerza naval, en el desembarcó a Costa Rica en 1840.
Batalla de la Trinidad (1827) primera victoria del Ejército Aliado Protector de la Ley de Cntroamérica.
