[2]​ El Congreso federal aceptó que se constituyera un nuevo Estado, Los Altos, cuya capital era Quetzaltenango, con las tierras occidentales de Guatemala.

[12]​ Además, mostraban a los nativos una reciente concesión de territorio en Verapaz que se había hecho a Michael Bennett,[13]​ quien era el representante del presidente federal Francisco Morazán en los negocios de caoba que este tenía.

La lucha había tomado tintes de guerra santa, pues eran los párrocos del clero secular quienes arengaban a los campesinos a defender los derechos de la santa religión y a combatir a los ateos liberales; el propio Carrera había sido educado por el párroco de Mataquescuintla quien lo había instruido en la religión católica en los vejámenes que esta sufría bajo el poder de los liberales.

[16]​ Los sacerdotes anunciaron a los nativos que Carrera era su ángel protector, que había descendido de los cielos para tomar venganza sobre los herejes, los liberales y los extranjeros y para restaurar su dominio antiguo.

Idearon varios trucos para hacerles creer a los indios esta ilusión, los cuales fueron anunciados como milagros.

[19]​ Una vez depuesto Gálvez, el vicejefe Valenzuela y José Francisco Barrundia se tuvieron que convencer a Carrera y sus tropas a evacuar la capital del estado.

El gobierno consigue la evacuación de Carrera y sus tropas sin mayor desorden, pero estos se llevaron dos mil fusiles nuevos que el ex-jefe Gálvez había escondido en los sótanos de la catedral.

En el 5 de marzo, los representantes doctor Pedro Molina, José Francisco Barrudnia, Gómez y M. Padilla presentaron un proyecto de ley que decretaría que "ningún eclesiástico puede ser en el estado elector ni elegido para ningún destino."

La mayoría de la comisión dictaminadora estuvo en contra; no consideraban conveniente intentar detener la voz de la iglesia que tenía tanta influencia en el país y tomaron en cuenta que los eclesiásticos eran ciudadanos según la constitución, y prohibirles la participación en elecciones sería un ultraje a sus derechos;[22]​ además se recordó que entre los ciudadanos más respetados habían eclesiásticos, inclusive entre los firmantes de la constitución.

En la reacción al proyecto de ley por la comisión dictaminadora se notó un movimiento hacia la cordura después del anticlericalismo acelerado que había causado resentimientos en la población.

[24]​ Para cuando Morazán arribó a la Ciudad de Guatemala, Gálvez ya había abandonado la jefatura del estado.

El grupo en el poder le otorgó plenos poderes para enfrentar a Rafael Carrera, asimismo le ofrecieron la presidencia vitalicia, pero Morazán rechazó esta oferta, porque ello estaba en contra de sus principios liberales.

Carrera fue derrotado y perseguido por Morazán en varias ocasiones, logrando así pacificar el estado.

Pero el general nunca pudo apresar al líder indígena, ya que este simplemente se retiraba a las montañas y regresaba para ocupar las posiciones clave tan pronto como las tropas de Morazán salían del estado de Guatemala.

[25]​ Durante toda la época colonial habían existido revueltas en contra del gobierno español.

Los liberales en Los Altos mantuvieron sus duras críticas al gobierno conservador de Mariano Rivera y Paz; tenían incluso su propio periódico: El Popular.

[27]​ Al mediodía del 20 de enero de 1840, Carrera se dirigió a la frontera con el Estado de Los Altos para esperar al enviado del estado altense con la ratificación del ultimátum y el cargamento de armas;[31]​ mientras esperaba, arengaba a sus tropas diciéndoles que el enemigo liberal todavía tenía a Quezaltenango sumido en la opresión y la tiranía y que, junto con San Salvador, era el único obstáculo para que retornaran a sus hogares.

[31]​ Tras algunas escaramuzas, los ejércitos se enfrentaron en Sololá el 25 de enero; Carrera venció a las fuerzas del general Agustín Guzmán e incluso apresó a este[31]​ mientras que el general Doroteo Monterrosa venció a las fuerzas altenses del coronel Antonio Corzo el 28 de enero.

[31]​ Carrera impuso un régimen duro y hostil para los liberales altenses, pero bondadoso para los indígenas de la región -derogando el impuesto personal- y para los eclesiásticos -restituyendo los privilegios de la religión católica; llamando a todos los miembros del cabildo criollo les dijo tajantemente que se portaba bondadoso con ellos por ser la primera vez que lo desafiaban, pero que no tendría piedad si había una segunda vez.

En forma similar a su primera invasión en 1829, llegó hasta Barberena prácticamente sin ser molestado y aplicando una estrategia de terror y violencia;[35]​ ambos bandos se caracterizaban por las atrocidades que cometían por su odio mutuo.

Además, desconocían la ciudad en que peleaban y tuvieron que pelear, cargar sus muertos y atender a sus heridos cuando aún resentían el cansancio por la larga marcha desde El Salvador a Guatemala.

[37]​ De tal suerte que Carrera, para entonces ya un experimentado militar[Nota 3]​ supo plantar cara y batalla a Morazán hasta derrotarlo de manera fulminante, al grado que este, ayudado por Ángel Molina[Nota 4]​ que conocía los callejones al oeste de la ciudad, tuvo que huir con sus predilectos disfrazado y gritando «¡Qué viva Carrera!» por el barranco del Incienso hacia El Salvador, para salvar la vida.

[37]​ En Guatemala, los salvadoreños sobrevivientes fueron fusilados sin piedad, mientras Carrera estaba fuera en persecución de Morazán, a quien no logró darle alcance.

Quería seguir mi camino con muchas ansias, pero hubiera sido una locura proseguir; de hecho, ningun dueño de mulas hubiera aceptado ir conmigo, y me ví obligado a regresar a Chiquimula».