Luego de la proclamación del Plan de Iguala, Yáñez se puso al servicio del recién formado Ejército Trigarante.La ciudad fue sitiada pero el coronel José María Yáñez se sostuvo durante varios meses hasta la caída del gobierno de Paredes y Arrillaga y el ascenso a la presidencia de Santa Anna.Fue comandante general en Jalisco y luego pasó con el mismo puesto a Zacatecas, ya terminada la guerra, en 1848.Pocos días más tarde dimitió, dejando a Pedro Espejo como gobernador de Sinaloa, y viajó a la Ciudad de México.Luego fue jefe de la IV División Militar con cuartel general en Mazatlán.En 1858 se proclamó el Plan de Tacubaya, que defendió en Sinaloa.Regresó al ejército en 1861 y se presentó en la Ciudad de México para combatir la intervención francesa en 1863.Al abrirse en 1985 el cementerio Héroes Civiles de Guaymas, se trasladaron otra vez sus restos y se colocaron en una tumba junto a una estatua bañada en oro del general con traje de gala.
