Tuvo un papel decisivo durante el gobierno del general Manuel Lisandro Barillas Bercián (1885-1896), quien lo exilió de Guatemala.

[5]​ Para 1881, las relaciones entre el presidente Justo Rufino Barrios y los representantes de la Iglesia católica habían mejorado considerablemente, y el presidente Barrios envió a su amigo personal —y antiguo sacerdote— Ángel María Arroyo como ministro plenipotenciario ante la Santa Sede para trabajar en un nuevo concordato, que sustituyera al Concordato de 1852.

[1]​ Luego partió en tren hacia la ciudad, en donde fue recibido por una enorme multitud en la estación, y luego lo acompañaron hasta la Plaza de Armas; había también personas en los tejados y en las ventanas de las casas, quienes aclamaban frenéticamente al recién llegado.

[1]​ Luego, un majestuoso Te Deum se celebró en la Catedral Metropolitana, que estaba completamente abarrotada por representantes de toda la sociedad guatemalteca.

Incluso los escritores agnósticos de La Ilustración Guatemalteca, como Antonio Macías del Real, no pudieron menos que felicitar al arzobispo y tampoco pudieron negar que el catolicismo era en ese momento la religión preponderante en el país.

Allí recibió tratamiento médico, pero a las once de la noche del 13 de abril se concluyó que no había nada que hacer y se le administró la Extremaunción.