[1] Sin embargo, aduciendo que el clima cálido era malo para su salud, quiso renunciar al nombramiento; finalmente fue forzado a zarpar para América en 1572.
[1] Estuvo poco tiempo a cargo de la mitra en Nicaragua, para luego mudarse definitivamente a Guatemala en junio de 1574.
[2] El nuevo obispo restituyó a los frailes las doctrinas de que los había despojado Villalpando y respaldó las peticiones de los franciscanos para que el Rey les concediera más, que se impusiera el diezmo obligatorio y que se pagaran cincuenta mil maravedís a los religiosos por la administración de cada doctrina.
[2] La preferencia mostrada por el prelado hacia las órdenes religiosas llevó al cabildo de la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala a quejarse de él y a pedirle que cumpliera con las cédulas reales en que se estipulaba que la provisión de beneficios se debía preferir a hijos legítimos de conquistadores españoles; Fernández de Córdoba y Santillán respondió que dichas cédulas no mandaban que los curatos fueran exclusivos para clérigos.
[2] Uno de los logros mayores del obispo fue la fundación del Colegio y Seminario Tridentino de Nuestra Señora de la Asunción, el cual estaba pensado para dar instrucción a quienes aspiraban al sacerdocio secular.