Cuando las provincias de Centroamérica declararon su unión al Imperio, la Provincia de San Salvador denunció la anexión como ilegítima, se declaraba en rebeldía y bajo la dirección de José Matías Delgado y Manuel José Arce y Fagoaga se preparó para la lucha armada.

El remanente de esta milicia abandonó San Salvador con Arce gravemente enfermo.

[5]​ Abandonó el territorio el 6 de marzo, dejando a Felipe Codallos como intendente y gobernador.

[4]​ Considerando la situación de México decidió que la única alternativa para proteger a Guatemala fue convocar a la Diputación Provincial de Guatemala para comunicarles de lo sucedido en México; a la vez, manifestó su resolución para que se convoque un congreso en Guatemala.

Aunque Filísola fue acusado de cobarde y traidor, fue exonerado por el gobierno mexicano dos años después.