Durante marzo y parte de abril, dividido en varias columnas, ocupó las poblaciones importantes.

En poco más de media hora el ejército mexicano fue derrotado dejando en el campo más de seiscientos soldados y otros siete centenares fueron tomados prisioneros por el ejército rebelde liderado por Sam Houston, que los mandos nacionales suponían en retirada.

Para su sorpresa, la fuerza mexicana se hallaba totalmente desprevenida, sin guardias o centinelas que pudieran avisar de la cercanía de los texanos, pues los soldados mexicanos se hallaban casi todos durmiendo la siesta, incluidos jefes y oficiales.

Inclusive la caballería pesada fue sorprendida por los texanos, con jinetes en tierra buscando desesperadamente sus armas, hasta el punto de que en el campamento mexicano pronto cundió la confusión y el desorden ante el repentino ataque.

Otros soldados fueron sorprendidos comiendo en el rancho, con la caballería desmontada y a la infantería sin sus armas cargadas.

Repentinamente despertado por el griterío y las balas, el general Manuel Fernández Castrillón trató de organizar la resistencia pero fue muerto a los pocos minutos, con lo cual la "batalla" degeneró en una matanza.

Los soldados mexicanos que no cayeron muertos o heridos en los primeros minutos huyeron caóticamente hacía el río San Jacinto, abandonando pertrechos y hasta sus propias armas por la prisa en salvar la vida.

Casi todos los soldados mexicanos que lograron huir de la batalla estaban completamente desarmados por haber abandonado su equipo para salvar sus vidas, lo cual hacía imposible el contraataque o la resistencia al enemigo, debiendo retirarse rápidamente hacia el sur, muchos soldados se ahogaron porque los texanos cortaron los puentes que cruzaban la laguna en la retaguardia mexicana.

El general Sam Houston fue impactado por una bala en su pierna izquierda El propio general Santa Anna se hallaba durmiendo al momento del ataque y fue despertado por los soldados texanos que lo tomaron prisionero, aunque su identidad no fue descubierta hasta que otros prisioneros lo reconocieron y lo saludaron como "señor Presidente".

Con Santa Anna cayeron apresados los generales Juan Nepomuceno Almonte y Martín Perfecto de Cos.

A este acontecimiento se le conoce comúnmente también como "la siesta de San Jacinto".