Sin embargo, el régimen no duró mucho, debido a la restauración del absolutismo por Fernando VII en 1814.

[3]​ En San Salvador, ese día 21, se realizaría un acta donde las autoridades acordaron observar al gobierno que se establezca en Guatemala; pero a la vez mostraron su adhesión a la monarquía americana (el Imperio Mexicano).

Posteriormente, el 27 de septiembre se celebró un cabildo abierto extraordinario, en donde Manuel José Arce y Juan Manuel Rodríguez se presentaron a proponer que cuando sea electa la diputación provincial, está se constituya como junta gubernativa subalterna (dependiente de Guatemala pero autónoma); esto como medida de la facción republicana para apartar del mando militar a los que estén en contra de la independencia.

[5]​[6]​ El 1 de octubre, Arce y Rodríguez presentaron una solicitud al ayuntamiento de la capital, para que ese día se procediere a elegir a la junta gubernativa; en cambió, el jefe político Barriere, publicó un bando convocando a elecciones el 4 de ese mes.

[3]​[6]​[7]​ En los siguientes días llegaron ante el gobierno guatemalteco 3 cartas, enviadas por Barriere, el comandante de las milicias coronel José Rosi, y Manuel Delgado (este último en representación de la facción republicana); en esas cartas cada facción veía a la otra como enemigo del pueblo o como rebeldes a la subordinación al gobierno guatemalteco.

[1]​[8]​ Entre las primeras medidas que tomó el presbítero Delgado fue el deponer del alto mando militar a José Rosi, al sargento mayor veterano Millan Bustos, y al teniente veterano Argote (comandante del cuerpo de banderas), y disolver el cuerpo de voluntarios.

[3]​ El 10 de noviembre llegaron a San Salvador los electores de los distritos: José Mariano Goitia (por Gotera), Domingo Cañas (Zacatecoluca), José León Taboada (Quezaltepeque), José Francisco Peralta (Olocuilta), José Buenaventura Guerrero (Sensuntepeque), Atanasio Gutiérrez (Usulután), Antonio Morales y Felipe Arana (ambos por San Salvador), Ramón Villafañe (Cojutepeque), Agustín Cisneros (Chalatenango), y José Antonio Jiménez (San Vicente); el de Tejutla (Domingo Rodríguez) llegó pero fue excluido por ser deudor de la hacienda pública; los de San Miguel y San Alejo se excusaron por enfermedad; y los de Santa Ana y Metapán no asistieron.

Ese mismo día se escogió al secretario y a los escrutadores.

Al día siguiente, y luego de la misa del Espíritu Santo, los electores procedieron a realizar la votación; siendo electos Manuel José Arce, Antonio José Cañas, Juan Manuel Rodríguez, Sixto Pineda, Juan Fornos, y Basilio Zeceña, a ellas se les sumarían el jefe político Delgado (quien anteriormente había sido parte de la diputación y posterior junta provincial consultiva de Guatemala; al igual que Manuel Antonio Molina, que se quedaría en Guatemala).

[23]​[24]​[14]​ El día 30 de marzo, la junta gubernativa acordó erigir una nueva diócesis y designar como primer obispo a José Matías Delgado; esto, en base al patronato regio, el privilegio que anteriormente tenían los monarcas españoles para nombrar a los líderes eclesiástico y crear nuevas diócesis, y que se consideraba que las nuevas naciones independientes serían herederas de dicha prerrogativa.

[24]​[27]​[14]​ El 16 de abril Arce le escribiría a Arzú para negociar un armisticio, a lo que desde Apopa Arzú respondería afirmativamente al día siguiente; enviando al coronel Rafael Montúfar, quien llegaría el día 18 a la capital, donde se reuniriría con Delgado, Arce, el alcalde primero Jáuregui, Domingo Antonio de Lara, Antonio José Cañas, Juan Manuel Rodríguez, Leandro Fagoaga, Pedro José Cuéllar, y el juez de letras Nicolás Espinoza (como diputado nombrado por el pueblo para esa ocasión).

Sin embargo, el capitán general consideró que dicho acuerdo era muy desventajoso para el lado imperial, por lo que el 28 de abril le enviaría a Arzú nuevos términos para el armisticio, que eran: que San Salvador podía permanecer independiente de Guatemala pero no podía reclamar los pueblos que se pronunciaron a favor de la anexión al imperio; que el gobierno provincial debe licenciar a sus tropa y entregar las armas a Guatemala, quedando en la capital una fuerza de 200 hombres; el gobierno de San Salvador pondría en libertad, en posesión de bienes y empleos, a los que se habían adherido al imperio; el gobierno provincial tendría que indemnizar a los propietarios de la hacienda El Espinal, Concepción Ramírez, y otras que habían sido afectadas por los conflictos; Guatemala mantendría una fuerza de 200 hombres en Santa Ana y San Miguel; no se trataría a San Salvador como país extranjero; para tratar lo contenido en estos términos se enviarían delegados a un lugar intermedio entre las jurisdicciones; y concluido el armisticio del 20 de abril estarían en la libertad de aumentar sus fuerzas.

Más adelante, el 10 de septiembre, los comisionados de la provincia junto con los delegados imperiales Felipe Codallos y Luis González Ojeda, firmaron el armisticio; que sería ratificado por la junta con algunas modificaciones, a la vez que harían regresar a Arce que marchaba hacia San Miguel.

Por lo que solicitó refuerzos a Guatemala, Comayagua, Chiapas y Quezaltengo; ordenó traer cañones del fortaleza de San Fernando; y a la vez recibió tropas de San Miguel.

Filísola, recibió al siguiente día información sobre la batalla, e intentó movilizarse hacia ese sitio; llegando el 15 de ese mes a Cojutepeque, pero por entonces la batalla ya había terminado, por lo que regresó a su cuartel.

Asimismo, el día 9, Filísola decretó una amnistía general para todos los rebeldes incluido los jefes que se presentaran en un plazo de 8 días.

[35]​ Las milicias de la provincias bajo el mando de Cañas, que eran unos 800 soldados, y que llevaban a Arce en una camilla, se movilizaron a Olocuilta y Zacatecoluca, y luego siguieron hacia San Vicente y San Esteban Catarina, para luego pasar a Sensuntepeque, donde a Cañas le dio un cólico hepático, por lo que el mando quedó en Rafael del Castillo.

Mientras Arce y Cañas apoyaban la rendición, Castillo y Juan Manuel Rodríguez consideraban que debían ir a Granada (en la provincia de Nicaragua, que también se había declarado independiente del imperio); por lo que al no llegar a un acuerdo, continuaron moviéndose hacia el norte, mientras varios se retiraban y se acogían al indulto, y Filísola seguía a los que continuaban.

[39]​ Luego de la salida de las tropas mexicanas y guatemaltecas, se procedió a elegir una nueva diputación provincial, que estaría presidida por el jefe político Prado, y que estaría conformada por Manuel José Durán, José de Rivas, Juan Fornos, Pedro Mártir Acosta, José Inocente Escolán, Mariano Zúñiga, Casimiro Antonio Morales, y Manuel Trinidad Estupinian.

Debido a ello, y para prevenir cualquier problema institucional, el 27 de septiembre la diputación (en un acta realizada por los escribientes José Joaquín Chávez, Clemente Mixco, y Juan Cisneros) se erigió en junta gubernativa, levantó una fuerza de 2000 hombres, y envió a Guatemala un contingente de 750 soldados comandados por el coronel José de Rivas; designando a su vez al capitán Pedro José Arce para que diese a aviso a las autoridades guatemaltecas del avance de las tropas.

[45]​ El 2 de febrero se volvería a reunir en cabildo abierto el ayuntamiento ahuachapaneco, se pronunciaría nuevamente a favor de la anexión, y dictaminaría (junto con 106 habitantes de la localidad) nombrar como representantes a los mismos de la vez anterior; quienes, el 7 de febrero, hicieron presente al ayuntamiento su parecer sobre la anexión a San Salvador; acordando ese día la incorporación a esa provincia con las condiciones de: que la anexión no afectase el pacto Federal; que le concediese a la población la restauración del partido o distrito (que estaba formado por Atiquizaya, Apaneca, Ataco, y Tacuba), que el gobierno guatemalteco les había concedido en 1795 y que el gobierno de Sonsonate les había quitado paulatinamente; que los separase de su antiguo rival (Sonsonate); y que se les permitiese elegir un diputado para el congreso estatal; además, plantearon que si en un dado caso el territorio de la antigua alcaldía mayor tuviese los elementos para formar otro estado, se les permitiese segregarse del de San Salvador.

[46]​[27]​[47]​ El 29 de marzo, el congreso decretó que se formase un libro con los nombres de todos los que lucharon por la libertad e independencia desde 1811; esto para perpetuar sus memorias y premiar sus servicios a ellos (si seguían vivos) o a sus descendientes.

[28]​ El 16 de abril el congreso, estando como presidente de él Mariano Fagoaga, se enteró de la llegada la comisión que había ido a negociar la anexión a los Estados Unidos; por lo que el 18 de ese mes, se le dio el puesto de diputado a Juan Manuel Rodríguez (por el que había sido elegido por San Salvador), y se nombró la comisión (integrado por Mateo Ibarra, Joaquín de San Martín, Benito González Martínez y Manuel Romero) para que recibiera con honores a Manuel José Arce (quien había sido designado miembro del triunvirato que gobernaba Centroamérica); a la entrada del recinto del congreso.

Al siguiente día se le daría posesión de ese cargo.

Más adelante, el 4 de mayo, se conformó una comisión especial integrada por Mateo Ibarra, Sixto Pineda, y Pablo María Sagastume, para que junto con Arce decidieran el modo de reorganizar las tropas.

Los miembros del ayuntamiento no podían volver a ejercer un cargo en este hasta pasado 2 años.

Varias poblaciones (como por ejemplo Ayutuxtepeque, Cuscatancingo, San Marcos o Ilopango) no tuvieron, quedando en la jurisdicción de alguno de los ayuntamientos constitucionales que nombrarían a dos alcaldes pedáneos para administrarlos.

Además de ello, el diputado, podía pertenecer al estado seglar o eclesiástico regular.

[58]​[59]​[52]​[60]​ En el caso de los ayuntamientos constitucionales, la elección era en principio similar, con la diferencia en que eran los ciudadanos (en la junta parroquial) quienes elegían a los electores parroquiales, ya sea escribiendo su nombre en cédulas o papeles, o acercándose a la mesa de la junta para decirle al secretario a quienes apoyaban (anotándolos el secretario en presencia del votante).

[61]​ Esta nueva provincia contaría con la misma división administrativa de la anterior intendencia, pero con algunos cambios.