Sin embargo, no lograron convencer a los ayuntamientos de los pueblos de San Miguel, Santa Ana y San Vicente; por lo que los cabecillas de aquel movimiento comenzaron a desalentarse y desde Guatemala se envió una delegación compuesta por José Alejandro de Aycinena y José María Peinado que negociaría con los líderes del movimiento y pondría punto final al alzamiento.

A raíz de los acontecimientos muchos terminaron presos, sufriendo Rodríguez prisión y juicio por seis años, siendo indultado hasta el año de 1819.

, la unión, es el secreto maravilloso, la fuerza irresistible, la varita mágica con la que se puede despedazar al enemigo.

[5]​[2]​ Durante su administración, se inauguró la primera Imprenta Nacional de El Salvador, donde se imprimió primer periódico que fue bautizado como "El Portador de la Buena Nueva", un semanario político mercantil cuyo primer ejemplar salió a la venta el 31 de julio de 1824.

[2]​ Apoyaría a las autoridades estatales salvadoreñas, opuestas a las disposiciones del presidente federal Manuel José Arce, durante la guerra civil centroamericana (1826-1829); por lo que apoyaría al creciente movimiento revolucionario liderado por Francisco Morazán.

Más adelante se desempeñaría como senador federal, consejero del estado salvadoreño, e inspector general de Hacienda y Rentas Federales Estancadas.