Hijo del marqués de Aycinena, Juan Fermín de Aycinena e Irigoyen, perteneció al grupo conservador más influyente en la política centroamericana de la primera mitad del siglo xix.
[4] Iría al sorteo definitivo, que se realizó en marzo de 1810 en la ciudad de Guatemala; en la que ganaría Bernardo Pavón, que no pudo realizar el viaje a España porque la Junta Suprema fue sustuida por el Consejo de Regencia.
[5] Para 1810, la defensa del Imperio Español estaba en manos de los criollos americanos, que tenían fuertes lazos de unión con la península ibérica;[6] en Centroamérica, en el año de 1811, Aycinena junto con José María Peinado, fueron comisionados por el gobierno guatemalteco para ir a la Intendencia de San Salvador para detener el movimiento independentista iniciado en su cabecera; lo cual realizaron eficaz y pacificamente, sorprendiendo incluso al capitán general José de Bustamante y Guerra (representante del absolutismo de Fernando VII en Centroamérica).
[6] Entre 1811 y 1816, Aycinena y Carrillo inició una poderosa carrera política que le permitió ahogar las intenciones de los criollos liberales centroamericanos gracias a sus influencias en España, mientras que varios representantes del Clan Aycinena se hicieron con el poder en las intendencias de Centroamérica:[6] El mismo Aycinena y Carrillo asumió la Intendencia de San Salvador en 1811, al mismo tiempo que José Piñol y Muñoz se hacía cargo de la Intendencia de Comayagua y el teniente coronel Juan Nepomuceno Batres era nombrado Intendencia de Ciudad Real de Chiapas.
[8] En mayo de 1812 fue designado como consejero de estado por lo que dejaría su cargo como intendente, y en septiembre partiría hacía España; donde además sería condecorado con la Orden de Isabel la Católica.