[5]​[2]​ En 1798 el rey había nombrado a Luis de Arguedas como intendente, pero no pudo tomar posesión debido a problemas de salud; por lo que en el año 1800 la real audiencia guatemalteca designó al tesorero Luis Martínez Navarrete, como intendente interino, y Antonio Isidro Palomo como asesor letrado.

Hasta que en 1804 la real audiencia guatemalteca designó como intendente interino a Francisco Vallejo.

[5]​[2]​ En el año de 1808, España fue invadida por las tropas de Napoleón Bonaparte, y la familia real fue puesta en prisión; poco tiempo después se conformó la Junta Suprema Central, para luchar contra los franceses.

Esas noticias llegarían a la intendencia en octubre de ese año, por lo que los diferentes autoridades jurarían lealtad al nuevo gobierno; asimismo se ofrecerían donativos voluntarios para costear la guerra contra los franceses.

Según dicho texto todas las personas nacidas en los dominios españoles (incluyendo indígenas y mestizos) eran ciudadanos y todas las poblaciones arriba de 1000 habitantes se constituían en municipios con su propio cabildo.

[5]​[2]​ El monarca español elegía -según recomendaciones del Real Consejo de Indias- a una persona de sexo masculino para que se hiciese cargo del gobierno como intendente.

[13]​[3]​[16]​[14]​ Para la mejor administración del territorio, el intendente nombraba subdelegados de la Real hacienda y tenientes subdelegados en las diferentes entidades en que se dividía el territorio.

Se les encargaba inspeccionar las finanzas de sus jurisdicciones y tener una estrecha correspondencia con el intendente, e iban a juicio de residencia al finalizar su cargo (al igual que el intendente y demás oficiales reales).

[8]​ La función y organización de las poblaciones con ayuntamiento continuaba siendo la misma que en anterior alcaldía mayor.

[8]​ Aunque los cabildos de indios continuaban teniendo las mismas funciones y organizaciones que en la anterior alcaldía mayor, estos tendrían una función económica importante debido a su recurso humano y agrícola.

De hecho, se exigió que los miembros del cabildo tuvieran aplicación a la agricultura e industria.

Como se dijo anteriormente, aquel ubicado en San Salvador era presidido por el intendente como jefe político subalterno.

Los miembros del ayuntamiento no podían volver a ejercer un cargo en este hasta pasado 2 años.

[8]​ Aquellos pueblos con población de 1000 habitantes en adelante tendrían su propio ayuntamiento o cabildo conformado por dos alcaldes, 8 a 12 regidores y un procurador; mientras que los pueblos con una población entre 1000 y 100 habitantes serían liderados por un alcalde, 2 a 6 regidores y un procurador; a su vez durante ese tiempo el alcalde o alcalde de primer voto también serían jefes de distritos (sustituyendo a los tenientes subdelegados).

Sin embargo, la restauración del absolutismo en 1814 revirtiría dicha medida, hasta que se restablecería en 1820 con el retorno de la constitución.

[8]​ Durante ambos períodos constitucionales, se llevarían a cabo elecciones para escoger diputado para las Cortés generales en España; siendo el presbítero José Ignacio Ávila, el único que logró realizar dicho viaje, y el único que fue designado por el ayuntamiento de San Salvador (ya que fue elegido, en 1810, para ser parte de las cortes generales que redactarían la constitución española de 1812).

Además de ello, el diputado, podía pertenecer al estado seglar o eclesiástico regular.

[24]​[25]​[23]​ En el caso de los ayuntamientos constitucionales, la elección era en principio similar, con la diferencia en que eran los ciudadanos (en la junta parroquial) quienes elegían a los electores parroquiales, ya sea escribiendo su nombre en cédulas o papeles, o acercándose a la mesa de la junta para decirle al secretario a quienes apoyaban (anotándolos el secretario en presencia del votante).

[26]​ El territorio de la Intendencia de San Salvador fue organizado en subdelegaciones o partidos subdivididas en tenencias (también llamadas distritos o partidos, está última forma de denominarlos no debe confundirse con los verdaderos partidos antes dichos) compuestos por varios pueblos que se encontraban en la jurisdicción municipal de las poblaciones con cabildo o ayuntamiento: San Salvador, San Vicente, San Miguel y Santa Ana (está última desde 1806).

En total, las tenencias que eran lideradas por un teniente subdelegado (además de Metapán, desde 1810) eran: Cojutepeque, Olocuilta, Usulután, Gotera, San Alejo, Sensuntepeque, Opico, Tejutla; mientras que las tenencias que eran administrados por sus alcaldes (además de Metapán antes de 1810) eran: San Salvador, San Vicente, San Miguel (estás cuatro por sus respectivos alcaldes ordinarios) y Santa Ana (está última desde 1806 contaría con su propio ayuntamiento presidido por alcaldes ordinarios).