Por la cual se le otorga a la provincia de San Salvador el poder contar con un justicia mayor (es decir un alto funcionario judicial encargado de velar por la situación del territorio, dichos gobernantes deberían ser nombrados por la real audiencia por lo que solo recibirían el título de justicia mayor (y por lo tanto serían gobernantes interinos), ya que solo el monarca podía otorgar el título de alcalde mayor);[2]​ sin embargo, sería a principios de 1578 cuando la Real Audiencia de Guatemala diese por cumplido lo ordenado y nombre a un justicia mayor, siendo el primero Diego Galán quién por lo tanto ocuparía dicho cargo de forma interina.

[5]​ En 1588 falleció el capitán Lucas Pinto, por lo que el 5 de noviembre de ese año se emite una real cédula en la cual se faculta a Diego de Paz y Quiñones para que completase el tiempo que le quedaba a Lucas Pinto (con la mitad del salario que devengaba el difunto alcalde mayor), en dicha real cédula también se le ordena que al llegar a la ciudad de San Salvador se presentase ante el cabildo de la ciudad para que le hiciesen juramento de toma de posesión previo depósito de la fianza (que era de rigor para el juicio de residencia al final de su período, a todos los altos funcionarios -luego de finalizar su mandato- se les enviaba a dicho juicio en donde se ventilaban casos de su gestión con la presencia de testigos, tras lo cual si se le reconocía culpabilidad en algún cargo por lo general se les imponía una multa; dicho juicio era llevado a cabo por su sucesor o por un juez de residencia nombrado por la real audiencia guatemalteca, siendo lo último lo que paulatinamente sería lo usual), asimismo se le concedía poder nombrar lugarteniente, así como se le facultaba conocer todos los pleitos y causas ya sean civiles como criminales, y también velar por el buen tratamiento de los indígenas por los encomenderos, por lo para llevar a cabo dichas tareas se le ordenaba visitar el territorio de su jurisdicción; todos esos mandatos se les asignaría también a todos los alcaldes mayores posteriores.

[8]​ A pesar de lo prometedor que era dicha construcción para el intercambio comercial interoceánico, la Corona española rechazó y canceló dicha iniciativa debido a lo costoso que suponía realizarlo.

Dicho contingente permanecería en ese pueblo entre 30 a 40 días, sin desatarse en ningún momento algún enfrentamiento.

[11]​[12]​ Para la década de 1620s, el añil producido en está alcaldía mayor ya tenía una considerable demanda en los diversos dominios españoles.

[15]​ Aunque todavía existían restricciones para el comercio con el virreinato del Perú (y se mantendrían hasta el año de 1778), no se buscaba enviar los productos a los puertos ubicados en el mar Caribe debido a los ataques piratas que sufrían los barcos y puertos de dicha costa.

Andrade ejercería el poder hasta 1659, siendo sustituido por Lupercio de Espes y Brizuela quien gobernó hasta 1663 cuando fue sustituido por Pedro de Sada Valles.

[21]​ En la primavera de 1682 el corsario inglés Bartolomé Sharp -proveniente de la alcaldía mayor de Sonsonate- cruza el territorio de la alcaldía mayor de San Salvador hasta estacionarse en la bahía de Hibaltica (sic: Xiribaltique, actual Jiquilisco), desde donde Sharpe y su tripulación se adentraron por el (camino real) y se dedicaron a visitar los lugares cercanos (como el puerto del capitán Morales (actualmente de El Triunfo), el estero grande (donde se fabricaban barcos pesados); las islas o penínsulas del Espíritu Santo, Palmares (en la actualidad Samuria), San Dionisio, Socarán (hoy isla San Sebastían), entre otras; y las poblaciones de Liquilisco (Jiquilisco), Araguaiquin (Ereguayquín), Osolien (Usulután) y Santa María) así como admiraron los volcanes de Tecapa (cerro Taburete) y del Silottlan (sic: Usulután, que en realidad es el ahora llamado volcán Chinameca), para finalmente visitar la ciudad de San Miguel,[22]​ luego de ello partirían hacia el golfo de Fonseca en donde visitaron las islas del golfo y donde el geográfo y navegante Basil Ringrose se dedicó a estudia la profundidad del golfo.

Ya en Londres Basil Ringrose registraría todo lo acontecido en su viaje con Sharp en su libro "The Dangerous Voyage And Bold Assaults of Captain Bartholomew Sharp and Others" publicado en Londres en 1684,[23]​ asimismo los mapas y demás anotaciones cartográficas serían dadas al cartógrafo William Hack que con ello elaboraría mapas en acuarela.

[22]​[23]​ En 1684 el monarca español nombra como alcalde mayor a Pedro Calvo del Risco.

Con eso se pacificarían las aguas del golfo; aunque se seguirían viendo barcos desconocidos (que no eran de españoles), estos ya no generarían algún malestar a las poblaciones.

Mientras que el juicio de residencia seguiría debido a que para el año de 1712 todavía se seguían formulando cargos contra Francisco Chacón.

[25]​ En 1719 debido a razones de salud, el alcalde mayor José Llanes Robles decidió retirarse del cargo y pido al rey Felipe V que nombrara un sustituto para que se desempeñara en los años que le faltaban para completar su período de cinco años; en junio de 1720 el rey Felipe V designó a Pedro de Doralea para sustituir a Robles, iniciando su gobierno en 1721 y ejerciéndolo hasta su fallecimiento en 1723 y en su lugar entró a gobernar de forma provisional Rodrigo Salgado que se mantuvo en el cargo hasta 1724.

[25]​ Entre la destitución de Trasierra en 1760 y 1765 ocuparon el puesto de alcalde mayor primeramente el comerciante de Guatemala Francisco Ignacio Chamorro,[25]​ luego Manuel Fadrique y Goyena y posteriormente José Jacinto Palomo y Rodríguez, el cual es sustituido en 1765 por Cristóbal Marcos de Gálvez y Corral, quien fue nombrado por el rey Carlos III (debido a solicitud hecha por él, por encontrase con problemas financieras)[34]​ para ocupar por segunda vez ese cargo -para ejercerlo de manera interina por un período de 10 años, pudiendo nombrar como sustituto a su hermano u otro pariente en caso de no poder terminar dicho período- pero tuvo que retirarse en 1765 siendo reemplazado por su yerno (debido a que su hermano no estaba en disposición) Manuel Fadrique y Goyena, quién estaba casado con María Gertrudis de Gálvez Cilieza y Velasco (hija de Cristóbal de Gálvez Corral), el cual ocupó por segunda vez ese cargo.

[34]​ Siendo nombrado en su lugar Rafael de Benavides el cual declinó el cargo debido a no poder la fianza que era requisito para la toma de posesión, por lo que en su lugar fue nombrado Francisco Antonio de Aldana y Guevara, este en 1774 propuso al rey organizar el territorio de la alcaldía mayor en 5 circunscripciones (San Salvador, San Miguel, San Vicente, Santa Ana y Osicala)[33]​[34]​ posteriormente y en ese mismo año fue sustituido por Melchor de Mencos quien gobernó hasta 1777 terminando el período de 5 años para el que había sido designado Bernabé de la Torre Trasierra.

[38]​ El monarca español elegía -según recomendaciones del Real Consejo de Indias- a una persona de sexo masculino para que se hiciese cargo del gobierno como alcalde mayor, por lo general eran electos para un período de 5 años y contaban con un salario de 500 pesos (en los siglos XVI y XVII) que iría aumentando en el trascurso del siglo XVIII hasta llegar a ser de 827 pesos en los últimos alcaldes mayores.

[39]​ En caso de que el puesto estuviese vacante (es decir vacío, ya sea porque había concluido el período de un alcalde mayor y no había llegado su sucesor, o porque el alcalde mayor en turno había renunciado al cargo o fallecido, o que hubiese sido destituido y enviado a juicio por problemas en su administración) la real audiencia nombraba a una persona de sexo masculino para que se hiciese cargo del gobierno, por lo general tales nombramientos eran de un año o hasta que llegase el sucesor nombrado por el rey; estos son mencionados en los documentos con el título de justicia mayor, ya que el título de alcalde mayor solo podía darlo el rey;[39]​ debido a que ambos títulos son sinónimos en este artículo a estos funcionarios se los menciona como alcaldes mayores (mencionando claramente que son interinos o nombrados por la real audiencia).

[41]​ A partir del siglo XVII, los alcaldes mayores nombrarían tenientes de alcaldes mayores en poblaciones que tenían una extensión y población española considerable, la jurisdicción de dichos tenientes se extendía a poblaciones vecinas que junto con la cabecera conformaban una tenencia o partido.

Posteriormente en 1658 se formó la provincia de San Vicente -que tenía por cabecera la población homónima y abarcaba la actual zona paracentral salvadoreña-.

[40]​ Para ser miembro del ayuntamiento o cabildo se requería: ser español (peninsular o criollo); saber leer y escribir; estar avecindados en la población; además de que se tendrían en cuenta a los descendientes de los descubridores, conquistadores y primeros pobladores; y no podían ocupar algún cargo aquellos que tuviesen deuda con la hacienda Real.

Eran elegidos cada año por los regidores del cabildo anterior, sin posibilidad de ser reelegidos hasta 2 años después; tomando posesión los primeros días de enero.

[40]​ En un principio, los demás miembros del ayuntamiento (que no fuesen los alcaldes) eran designados por el cabildo antetior.

[40]​ El ayuntamiento proponía las medidas económicas en pleno, y eran los regidores los encargados de implementarlas.

[40]​ Desde finales del siglo XVI y principios del siglo XVII se formaron los curatos dentro de las provincias que agrupaban varias poblaciones alrededor de la parroquia de un pueblo principal y que tenían una función tanto religiosa como administrativa.

Entre ellos estaba el cacique (que en el caso de que en la jurisdicción de dicha población hubiese otros asentamientos, el de la población principal recibía el título de cacique gobernador), a quienes se les daría el mismo tratamiento que la nobleza española, su condición sería vitalicia y transmitida por sangre, y gozarían de privilegios propios de los españoles (poseer armas, monturas o vestir como los españoles), con el pasar del tiempo su figura iría desapareciendo en varias poblaciones.

[40]​ También se le permitiría a los pueblos indígenas contar con su propio cabildo, que ejercía durante un año y cuyos miembros estarían exentos de tributo durante el año que oficiaban.

El cabildo estaba conformado por un alcalde (cuando en la población había más de 80 casas se nombraba a dos alcaldes), de 2 a 4 regidores, 2 alguaciles (uno mayor y uno menor) y un escribano.

[40]​ Para ser parte del cabildo de indios, se requería: ser indígena puro de padre y madre; hablar castellano; ser buen cristiano y no vicioso; y no haber sido miembro en los tres años anteriores al nombramiento.

[49]​ En la segunda mitad del siglo XVI y principios del siglo XVII, se empezaron a construir parroquias en los pueblos que no estaban bajo de alguno de los conventos de las órdenes religiosas, con lo que se conformaron curatos compuestos por una cabecera (donde estaba la parroquia central) y varios pueblos anexos; a mediados del siglo XVIII se empezaron a suprimir las doctrinas que tenían las órdenes religiosas, siendo sustituidas tales doctrinas por el clero diocesano (párrocos y vicarios) por lo que los pueblos bajo la administración de los conventos pasan a conformar curatos normales compuesto por una cabecera y varios pueblos anexos; tras esto los curatos pasan a reunirse en varias provincias eclesiales.