[2][1] En 1800 contraería matrimonio con Margarita Veillon Aubert, con quien engendraría una hija llamada María de la Concepción Quiroga.
[1][2] En 1809 se lo nombraría como comandante del regimiento de artillería.
El 9 de abril de 1810 se haría cargo brevemente y como interino del puesto de presidente-gobernador y capitán general de Guatemala, debido a enfermedad del capitán general Saravia; ante esto, el 19 de junio, el ayuntamiento de la Nueva Guatemala escribió que eso no convenía, debido a que su esposa era de origen francés (ya que las tropas francesas de Napoleón Bonaparte habían invadido España, y tomado como prisioneros a la familia real; y se había conformado la Junta Suprema Central para expulsar a los franceses).
[1][2] El capitán general Saravia retomaría su puesto, por lo que Quiroga volvería a ser comandante del regimiento de artillería, esta vez con el rango de coronel.
Debido a ello, serían apartados de sus cargos todos aquellos que formularon o firmaron las instrucciones a los diputados a cortes; uno de ellos sería el intendente de San Salvador José María Peinado, y en su lugar ocuparía el cargo Mendez de Quiroga.