José Mariano Batres y Asturias

Posteriormente, estaría presente en el cabildo abierto que designó al nuevo ayuntamiento.[4]​ El 6 de noviembre en un nuevo cabildo abierto, debido a que se decidió destituir al intendente Antonio Gutiérrez y Ulloa, sería designado como intendente interino de San Salvador.Más adelante, el día 8 de ese mes, debido a que se necesitaba dinero para pagar a personas que vigilasen la ciudad, ordenó que se abrieran las cajas reales, con la obligación del ayuntamiento de pagar posteriormente con sus propios fondos lo sustraído.[4]​ Desde el 11 de noviembre, se empiezan a recibir noticias que los demás partidos o distritos no se sumarán al movimiento (aunque a a su vez se suscitan motines en varias poblaciones);[4]​ lo que provoca preocupación en algunos líderes del movimiento (Miguel Delgado, Manuel Morales, Juan Manuel Rodríguez) que buscan conformar tropas ante un posible ataque; ante lo cual Batres ordena que se sustraigan más fondos de las cajas reales para pagarle a esos combatientes.[3]​ En el año de 1829, al finalizar la guerra civil centroamericana y llegar Francisco Morazán a la ciudad de Guatemala, su casa fue saqueada y él fue llevado preso al convento de Belén, para luego ser llevado como prisionero a Sonsonate, donde permaneció 6 meses.