Tras la derrota de Cornejo por Morazán en abril de 1832 fue enviado preso a Guatemala el jefe Cornejo y unos 60 salvadoreños que colaboraron con el, incluyendo Joaquín Durán y Aguilar.
Estuvieron en cárcel por un año en la capital, condenados a cuatro años de exilio, fueron por fin amnistiados por el Congreso Federal.
Esto afectó profundamente a la familia Durán Aguilar.
El Salvador, gobernado por Antonio José Cañas, se vio obligado a entablar negociaciones de paz con Guatemala.
Continuó trabajando como abogado en Antigua Guatemala, donde residió por buena parte de su vida con su familia.