[3]​[7]​[1]​ El gobierno federal presidido por el General Francisco Morazán desconoció esa elección; por ello y a que San Martín se oponía al traslado del gobierno federal a El Salvador, Morazán buscaría derrocarle.

[3]​[4]​ El 28 de mayo, debido a que las autoridades federales buscaban establecer la capital en San Salvador y ante la reticencia de las autoridades salvadoreñas, el 28 de ese mes, Morazán se puso al frente del ejército federal en Sonsonate y el día 29 la Asamblea Federal acordó trasladar la capital a San Salvador, notificandole esa disposición al gobierno salvadoreño.

Pero el Congreso estatal y el Concejo Representativo se disolverían sin haber llegado a ningún acuerdo.

Pero Morazán avanzó a San Salvador y la ocupó el 6 de junio, estableciendo ahí el gobierno federal.

El 12 de junio depuso a San Martín y colocó en su lugar al General Carlos Salazar.