En 1884, la Asamblea General le concedió licencia para ausentarse de la república por algún tiempo para, según el, mejorar su salud que estaba "quebrantada en ocho años de trabajos administrativos".
[11] Para poder comprender el nacimiento de, propiamente dicho, la literatura salvadoreña, hay que situarla en el contexto histórico donde se dio.
Fue con la llegada al poder en 1876 de Rafael Zaldívar que los liberales lograron imponerse a sus rivales conservadores.
Se formó asimismo otra institución de carácter semi oficial, la Academia Salvadoreña de la Lengua, que se constituyó nominalmente en 1876, aunque no entraron en funciones hasta 1914.
En las ciencias naturales sobresalió el trabajo del médico y antropólogo David J. Guzmán, autor de la Oración a la Bandera Salvadoreña.
El discurso del Presidente Zaldívar comprendía estas palabras: Junto a Guatemala y Honduras se propuso la creación de una República Centroamericana; sin embargo, cuando en febrero de 1885 el presidente guatemalteco Justo Rufino Barrios proclamó el restablecimiento de la unión regional por la fuerza y se declaró jefe militar de Centroamérica, hubo reacciones muy adversas en El Salvador, Nicaragua y Costa Rica.
El gobierno salvadoreño anunció su oposición a las pretensiones de Barrios y entre El Salvador, Costa Rica y Nicaragua se estableció una alianza defensiva, que obtuvo el apoyo de México.
[cita requerida] Los líderes liberales guatemaltecos se inspiraron en Otto von Bismarck con éxito uniendo a los alemanes bajo Prusia en 1870, viendo la relación de Prusia con los estados alemanes más pequeños como equivalente a la relación de Guatemala con los otros países centroamericanos.
Las cámaras decretaron el rechazo del decreto de Barrios, se autorizó omnímodamente al Presidente para defender al país, se declararon traidores a la patria a todos los salvadoreños que acepten o ayuden al gobierno guatemalteco y se declaró en estado de sitio la república entera.
Después de la sesión, el presidente dirigió un manifiesto a los salvadoreños que concluye:[19]
[20] El presidente de Costa Rica Próspero Fernández Oreamuno murió en el cargo durante la guerra y fue sucedido por Bernardo Soto Alfaro.
Menéndez llegó rápidamente hasta Chalchuapa sin encontrar resistencia y posteriormente ocupó los cantones de Portezuelo y aldea San Antonio (actualmente barrio); mientras tanto a cargo de la defensa de la ciudad se encontraban el gobernador departamental general Narciso Avilés y el general Pedro Escalón, a la plaza pública se le había rodeado de barricadas que cerraban todas las bocacalles y se había ocupado la parroquia central para el mismo fin.
[24] Al darse cuenta el general Pedro Escalón que su hijo Potenciano Escalón es parte de los rebeldes, convence al general Avilés de rendirse, por lo que Avilés decide marchar a San Salvador.
[24] El 14 de mayo el general Francisco Menéndez ocupó la ciudad santaneca y estableció ahí su cuartel general, a las 2 de la tarde de ese día están ya las tropas rebeldes formadas en la plaza bajo el liderazgo del general Estanislao Pérez;[24] en la ciudad santaneca el general Estanislao Pérez le propondría a Menéndez proclamarse presidente, lo que al principio rehusó pero posteriormente lo efectuó; ese mismo día 14 de mayo, Zaldívar dejó la presidencia y en su lugar se nombró al segundo designado a la presidencia Fernando Figueroa.
[26] Desde San Salvador se envió a Santa Ana una columna de guerra de 200 hombres que eran comandados por el general Carlos Molina, que se enfrentaron a 60 hombres comandados por el coronel Máximo Salguero en el paso del Bejuco, siendo las tropas gubernamentales derrotadas por lo que retrocedieron a Coatepeque.
[26] Posteriormente dichas tropas estacionadas en Coatepeque serían reforzadas con un contingente de 700 efectivos al mando del general Adán Mora y luego por más batallones que irían llegando en los siguientes días.
El 16 de mayo el gobierno provisional presidido por Francisco Menéndez crea una junta consultiva de guerra, que estaría integrada por Manuel Gallardo, Carlos Bonilla, Emeterio Ruano y Pablo Orellana.
[27] Ese mismo día las tropas rebeldes comandadas por José Domingo Arce y Mardoqueo Sandoval ocupan el departamento de Sonsonate.
[28]Zaldívar También sigue siendo una figura clave en lo que más tarde se conoció como la "Revolución del Café".
Fue Rafael Zaldívar quien introdujo reformas que allanaron el camino para el cultivo a gran escala.
Esto se hizo al permitir la venta de tierras indígenas.