Durante su vida estudiantil se opuso al régimen del presidente Tomás Guardia Gutiérrez y sufrió confinamiento en 1875.De este matrimonio nació en 1886 un único hijo, Maximiliano Soto Fernández, que casó con Vera Field Hine.El presidente Próspero Fernández Oreamuno nombró a Bernardo Soto como Secretario de Gobernación, Policía y Fomento.José Castro Madriz (expresidente de la República y cuñado del entonces presidente Próspero Fernández Oreamuno).Como ministro Bernardo Soto tuvo una participación muy importante en hechos como la electrificación del alumbrado público de San José en 1884.En esos momentos Costa Rica estaba aliada con Nicaragua y El Salvador, contra Guatemala y Honduras pues el dictador guatemalteco Justo Rufino Barrios intentaba establecer por la fuerza la República Federal de Centro América.Bernardo Soto Alfaro postuló su candidatura para continuar en la presidencia para el período 1886-1890, y con diversas medidas de presión impidió que tomara cuerpo la candidatura rival del tío político de su esposa, el general Víctor Guardia Gutiérrez (hermano del difunto dictador Tomás Guardia Gutiérrez), hasta que quedó como candidato único y fue elegido por unanimidad en las elecciones nacionales de 1886.El litigio terminó con el Laudo Cleveland de 1888, muy favorable a las tesis defendidas por Costa Rica.El ferrocarril abrió muchos lugares a la colonización, formando nuevos pueblos como Turrialba y Guápiles.Durante su segundo período, Bernardo Soto, tanto por motivos de viajes al exterior o por enfermedad, se separó varias veces del poder en forma temporal, dejándolo generalmente en manos de su padre, el general Apolinar Soto Quesada, quien había sido nombrado primer designado y en repetidas ocasiones también fue secretario de Guerra y Marina.En 1882 el general Tomás Guardia Gutiérrez heredó el poder a su cuñado y amigo Próspero Fernández Oreamuno.Asimismo, en 1885 el general Próspero Fernández Oreamuno heredó el poder a su yerno y amigo Bernardo Soto Alfaro.En 1901, cuando se acercaba a su término el segundo período del Presidente Rafael Iglesias Castro, sus adversarios políticos para postular la candidatura de Bernardo Soto Alfaro, pero Iglesias llegó a una transacción con la oposición y fue elegido Ascensión Esquivel Ibarra.A los desterrados se les permitió volver al país poco después.
