La bandera está basada en la bandera de las Provincias Unidas del Río de La Plata, ya que el líder independentista centroamericano, Manuel José Arce y Fagoaga, en gratitud, tomó los colores y la forma de la bandera que llevaba a bordo la fragata “La Argentina” al mando del corsario franco-argentino Hipólito Bouchard luego de que éste atacó a los realistas apostados en Centroamérica.
El pabellón militar llevaba a menudo el lema "DIOS UNIÓN LIBERTAD" en letras doradas.
Una vez que la República Federal se disolvió en 1838 y 1840, cada uno de los países que la componían adoptó de manera unánime los colores blanco y azul, con pequeños cambios respecto a sus vecinos,[5] los cuales eran generalmente relativos al escudo nacional ubicado en el centro.
Sólo Costa Rica agregó a su diseño el color rojo, y Guatemala adoptó las franjas en posición vertical.
Algunas armas contienen referencias explícitas a la unión centroamericana, incluso en la ubicación del país en América Central.