En su inicio la Confederación designó como gobernante a Antonio José Cañas con el título de Supremo Delegado, pero cada Estado conservó su propio Jefe de Estado, y la autoridad efectiva de este cargo fue prácticamente inexistente.
Éste acuerdo jamás llegó a tener efecto.
Gran Bretaña le negó el reconocimiento diplomático, sus relaciones con Guatemala fueron tensas y para peores, estalló una sangrienta guerra entre los tres Estados confederados, porque en El Salvador los conservadores con Francisco Malespín tomaron el poder; mientras que, en Nicaragua gobernaban los liberales de León en rivalidad con los conservadores de Granada.
[7] A mediados de 1845, el Supremo Delegado Chamorro Pérez propuso a los Estados un proyecto de nuevo pacto, pero su período terminó sin que se hubiese tomado ninguna decisión al respecto.
Para esa época la Confederación prácticamente ya estaba disuelta de hecho.