[6]​[7]​ Ya que al momento de su designación no se encontraba presente en San Vicente (donde se había instalado el congreso) y se encontraba enfermo, la asamblea nombraría como presidente provisional a José Escolástico Marín; quién le entregaría el puesto el 12 de abril de 1842.

[7]​[8]​ Se volverían a realizar nuevas elecciones, en las que resultarían electos Guzmán como presidente y Antonio José Cañas como vicepresidente; pero Cañas no aceptó el cargo y en su lugar se nombró a Pedro José Arce.

[9]​[6]​[7]​ Durante su gobierno brindó su propia infraestructura a la Universidad Nacional y sostuvo una enérgica postura contra los reclamos del representante británica Frederick Chatfield (que pretendía vulnerar la soberanía salvadoreña); por otro lado durante su mandato regresó del exilio el general Francisco Morazán pero fue rechazado (al ser Juan José Guzmán del partido conservador, mientras que Francisco Morazán era del partido liberal), posteriormente Morazán se retiró del país y se embarcó a Costa Rica, donde fue elegido presidente.

En diciembre, Guzmán se dirigió a visitar el departamento de San Miguel; y tras él se dirigió Malespín con una escolta, ya que Guzmán había ordenado la captura y remisión a San Miguel del presbítero Eduardo Vásquez (que había usado el púlpito como medio político); lo que hizo que Guzmán se sintiera perseguido e intimase a Malespín el 8 de diciembre para que desocupase San Miguel a pena de ser declarado faccioso.

El 10 de diciembre insistiría a Malespín a que dejase San Miguel y para evitar más se retira a una hacienda, lo que sería aprovechado por Malespín para deponderle y colocar en su lugar al senador designado Cayetano Antonio Molina y Lara que el 20 le entregaría el cargo al vicepresidente Pedro José Arce.

El 29 de diciembre, Guzmán se dirigió a Malespín para que declarase si obedecía o no las leyes, y al obispo y la Corte Superior de Justicia para que restablecieran la justicia.