[6][7] Ya que al momento de su designación no se encontraba presente en San Vicente (donde se había instalado el congreso) y se encontraba enfermo, la asamblea nombraría como presidente provisional a José Escolástico Marín; quién le entregaría el puesto el 12 de abril de 1842.[7][8] Se volverían a realizar nuevas elecciones, en las que resultarían electos Guzmán como presidente y Antonio José Cañas como vicepresidente; pero Cañas no aceptó el cargo y en su lugar se nombró a Pedro José Arce.En diciembre, Guzmán se dirigió a visitar el departamento de San Miguel; y tras él se dirigió Malespín con una escolta, ya que Guzmán había ordenado la captura y remisión a San Miguel del presbítero Eduardo Vásquez (que había usado el púlpito como medio político); lo que hizo que Guzmán se sintiera perseguido e intimase a Malespín el 6 de diciembre para que desocupase San Miguel a pena de ser declarado faccioso.Malespín no contestó, permaneció en San Miguel, y reunió a la municipalidad para formar una comisión que averiguase el paradero del presidente para que continuase ejerciendo sus funciones.[10][11] Al volver a San Salvador, Guzmán decidió trasladar la sede del gobierno a San Vicente el 23 de diciembre; mientras que Malespín ordenó el extrañamiento de los presbíteros Isidro Menéndez e José Ignacio Zaldaña, lo que fue hecho por el obispo Jorge de Viteri y Ungo.El 29 de diciembre, Guzmán se dirigió a Malespín para que declarase si obedecía o no las leyes, y al obispo y la Corte Superior de Justicia para que restablecieran la justicia.
Presidente de la República de El Salvador Lic. Juan José Guzmán.
