Cuando en ese mismo año se declaró la guerra a Honduras y El Salvador contra Nicaragua, el presidente Malespín, estando en San Miguel, depositó interinamente la presidencia en Guzmán el 25 de octubre.

Mientras tanto en San Vicente también se intentó apoderar de las armas en vano e igualmente fueron frustrados los revolucionarios en Sensuntepeque, quienes encabezados por Miguel Castellanos, Julián Villegas, Juan Francisco Méndez, Ramón Soriano y José Leonés intentaron arrebatar las armas al comandante de aquella plaza, el brigadier Escolástico Marín.

[2]​ Aun después de estos intentos fallidos, los movimientos revolucionarios continuaron en San Salvador.

El comandante de serenos Pedro Lubén intentó oponerse a la acción y fue herido gravemente.

El presidente Guzmán responde, depositando el mando del poder ejecutivo en el senador Fermín Palacios, y marcha sobre Belloso con una columna de hombres y lo derrotó en el sitio de Montero.

El gobierno nombró en calidad de comisionados al general Nicolás Angulo, el coronel Tadeo Lima y Guillermo Cortés para que en la población fronteriza de Jocoro se encontrasen con Braulio Carrillo, representante del general Malespín.

Se estipuló que Francisco Malespín presindiría de su pretensión al mando, que sus bienes serían respetados y se sometería a un juicio de responsabilidad por su conducta pública; tal arreglo no produjo ningún resultado.

Por su parte, Malespín tenía a su disposición las goletas Constelación, Agustina y Carolina.

Más este no fue aprobado por el gobierno hondureño y los aprestos de guerra continuaron.

[13]​En el 28 de mayo, la Asamblea General convocó elecciones presidenciales, estas serían organizadas por Guzmán para dar legitimidad a su gobierno.

Más las fuerzas al mando del general José Santos Guardiola lograron vencer al ejército salvadoreño en Comayagua y el general Cabañas tuvo que dar la última carga con cinco oficiales para favorecer la retirada de sus tropas.

[16]​ El ejército salvadoreño pudo recuperar los territorios que estaban bajo dominio hondureño[17]​ El general Cordero con las tropas que quedaban bajo sus órdenes fue encargado de defender el camino de Chalatenango y levantó trincheras en el paso del Lempa y Suchitoto en donde podía fácilmente impedir el avance hondureño.

Mientras tanto la división vanguardia salvadoreña con unos 900 hombres se movió de San Vicente a Lolotique al mando del general Nicolás Angulo.

En el 21 de agosto, 200 hombres que venían en auxilio de las fuerzas hondureñas fueron derrotados en La Unión, quedando la comandancia del puerto encargada del coronel Antonio Carballo( un general Salvadoreño).

Hasta durante la guerra con Honduras, el gobierno se encontraba en un estado de confusión por causa del faccionalismo.

[24]​ Regresó en 1858 como vicepresidente de Miguel Santín del Castillo y al fallecer este, lo sustituyó como presidente provisional.