Se conoce como Estado liberal de Guatemala al período histórico de ese país centroamericano comprendido entre 1829 y 1840, y en el que gobernaron los liberales centroamericanos.
Mientras tanto en Honduras, Francisco Morazán aceptó el desafío propuesto por los salvadoreños; le entregó el mando a Diego Vigil como nuevo jefe de Estado de Honduras y se fue a Texiguat, donde se preparó y organizó sus tropas con miras a la campaña militar salvadoreña.
El coronel y sus tropas marchaban con rumbo a territorio hondureño, cuando fueron interceptados por los hombres de Morazán en San Antonio.
Aycinena, al ver que no conseguía una solución pacífica, escribió a sus conciudadanos: Con el mayor sentimiento, me veo en la necesidad de anunciaros: que todos los esfuerzos del supremo gobierno nacional, y de las autoridades del Estado, por el restablecimiento de la paz, han sido inútiles: los que llevan la voz y se han apoderado del mando en S. Salvador, tienen interés en prolongar la guerra; porque ella sirve á sus miras personales, y les importa muy poco la suerte de los pueblos.
Las operaciones militares en la capital comenzaron con pequeñas escaramuzas en frente de las fortificaciones del gobierno.
[12] Debido a esta derrota Morazán levantó el asedio de la ciudad y concentró sus fuerzas en la Antigua.
[20] Reunidos en un gran salón, de improviso entró la tropa del francés Raoul, quienes los obligaron a formarse y luego los escoltaron hasta el edificio de la Universidad, que Morazán había convertido en cárcel.
[22] Morazán justificó la captura del Clan Aycinena y la anulación de la Capitulación diciendo que una investigación había determinado que muchos ciudadanos habían salido hacia Los Altos, llevándose consigo una gran cantidad de armas y municiones para atacar las fuerzas liberales, lo que había dado lugar a asesinatos y robos en los caminos vecinales.
Durante su gestión realizó importantes reformas en casi todas las ramas de la administración gubernamental.
Al terminar su mandato Gálvez fue reelegido, pero declinó el puesto, pero cuando se hicieron unas terceras elecciones en las que volvió a resulta elegido, Gálvez al fin tomó el poder pero no concluyó este segundo período debido a una revolución conservadora en su contra.
Gálvez también aplicó la censura de la correspondencia, se confiscaron fondos y propiedades.
Por ser antagonista de los privilegios del partido conservador, Gálvez expulsó al arzobispo Ramón Casaus y Torres y en 1832, ordenó la supresión de los tributos a la Iglesia, eliminó la gran mayoría de los asuetos religiosos, autorizó el matrimonio civil y legalizó el divorcio.
Es importante aclarar que Gálvez despojó de privilegios a la Iglesia Católica no por cuestiones religiosas sino que por razones puramente económicas: entre menos asuetos, mayor productividad y con la supresión del diezmo obligatorio, mayores ingresos para las arcas estatales; asimismo, el clero regular de la Iglesiaera el principal terrateniente del Partido Conservador, mientras que el clero secular dirigido por el arzobispo se beneficiaba del diezmo obligatorio.
Fue el máximo dirigente de las fuerzas insurgentes, entre las que se encontraban numerosos indígenas.
La lucha había tomado tintes de guerra santa, pues eran los párrocos del clero secular quienes arengaban a los campesinos a defender los derechos de la santa religión y a combatir a los ateos liberales; el propio Carrera había sido educado por el párroco de Mataquescuintla quien lo había instruido en la religión católica en los vejámenes que ésta sufría bajo el poder de los liberales.
Otro factor que influyó en la revuelta fueron las concesiones que dio el gobierno liberal de Francisco Morazán a los ingleses —a quienes llamaban «herejes» por su condición de protestantes; en Guatemala se les había dado Belice y la Haciendo San Jerónimo en Salamá —la cual era la propiedad más cara y rentable que los liberales habían decomisado a los dominicos en 1829;[29] el contrabando de artículos ingleses provenientes de Belice había empobrecido a los artesanos guatemaltecos, quienes se unieron a la revuelta de Carrera.
[30] Los sacerdotes anunciaron a los nativos que Carrera era su ángel protector, que había descendido de los cielos para tomar venganza sobre los herejes, los liberales y los extranjeros y para restaurar su dominio antiguo.
Idearon varios trucos para hacerles creer a los indios esta ilusión, los cuales fueron anunciados como milagros.
[14] Para cuando Morazán arribó a la Ciudad de Guatemala, Gálvez ya había abandonado la jefatura del estado.
El grupo en el poder le otorgó plenos poderes para enfrentar a Rafael Carrera, asimismo le ofrecieron la presidencia vitalicia, pero Morazán rechazó esta oferta, porque ello estaba en contra de sus principios liberales.
Carrera fue derrotado y perseguido por Morazán en varias ocasiones, logrando así pacificar el estado.
Pero el general nunca pudo apresar al líder indígena, ya que este simplemente se retiraba a las montañas y regresaba para ocupar las posiciones clave tan pronto como las tropas de Morazán salían del estado de Guatemala.
[40] Creyendo que Carrera estaba totalmente vencido, Morazán y Barrundia se dirigieron a la Ciudad de Guatemala en fueron recibidos como salvadores por el gobernador Valenzuela y los miembros del Clan Aycinena, quienes incluso propusieron patrocinar uno de los batallones liberales, mientras que Valenzuela y Barrundia pusieron a las órdenes de Morazán los recursos de Guatemala para solventar cualquier problema financiero que tuviera.
[43] Sabiendo que Morazán se había ido a El Salvador, Carrera intentó tomar Salamá con la pequeña fuerza que aún le quedaba, pero fue derrotado, perdiendo a su hermano Laureano en el combate.
[46] Este triunfo sobre Carrera le valió a Salazar se normbrado como jefe del Estado de Guatemala por el propio Morazán.
Incluso, para demostrar a Carrera que ni se le temía ni se le desconfiaba, retiró las fortificaciones que había en la capital guatemalteca desde la batalla de Villa Nueva.
[50] Barrundia y Mariano Gálvez también huyeron antes de la llegada de Carrera; las hordas del líder campesino fueron a buscarlos a sus casas pero ya no los encontraron; otros como la familia del doctor Pedro Molina Mazariegos, José Bernando Escobar y otros declarados líderes anticlericales tuvieron que asilarse irónicamente en parroquias y casas particulares para escapar de la persecución.