[1] También tendría una hija nacida fuera de matrimonio, que sería fruto de una relación con una indígena;[1] y quien le ocasionaría por 1557 pleito con el obispo de Guatemala Francisco Marroquin, al intentar está casarse clandestinamente con Diego de Castro y luego al intentar huir de la ciudad con la ayuda del obispo, por lo que Gómez ocupó su influencia para movilizar a personas hacia la Catedral (donde se encontraban su hija y el obispo), donde el oidor de la real audiencia guatemalteca Antonio Mejía otorgó el permiso para que Gaspar de Cepeda (que se encontraba en Santiago de Guatemala para ese momento) le pusiera cerco a la Catedral, por lo que el obispo mandó abrir las puertas de la Catedral para que se llevasen a la hija de Gómez.
[1] En 1558 fallecería Gaspar de Cepeda, el cual le dejaría en su testamento sus tres encomiendas de Citalá, Nahuizalco y Guazapa; sin embargo, la real audiencia guatemalteca presidida por Juan Núñez de Landecho decidió pasar dichas poblaciones a otras personas, ya que supuestamente Cepeda no los pidió para otra vida.
[1] Debido a ello, decidió llevar en 1564 el caso ante el Consejo de Indias mediante la procuración de Alonso Meléndez, sin embargo el concejo decidió que no había lugar para lo pedido y le dio la razón a la audiencia guatemalteca.
[1] Es posible que esto le llevase a tener resentimiento con sus compañeros encomenderos, en especial a los de la ya para entonces Alcaldía mayor de Sonsonate;[1] lo que lo llevará a tener varios pleitos judiciales con ellos, pero sobre todo con Diego de Guzmán (quien era el encomendero de Izalco).
[1] En 1559 partiría junto con el oidor de la real audiencia guatemalteca Pedro Ramírez de Quiñónez a librar batallas contra los lacandones.