[4]​ Remesal menciona que se tardó 15 días en levantar y trazar las calles, plaza, e iglesia (dedicada a la Santísima Trinidad) de la nueva población; luego de lo cual, el 16 de abril, el procurador de la villa Luis Hurtado solicitó parcelas para los habitantes y que todos juraran vecindad (esto para evitar que la nueva población quedase despoblada), lo que sería aceptado.

[4]​ Entre 1528 y 1529, Diego de Alvarado tuvo que hacer frente a la rebelión indígena en el peñón de Cinacantán, en la que se destacarían Miguel Díaz Peñacorba y Bartolomé Bermúdez cuya participación permitiría que dicho peñón fuese dominado y pacificado luego de varios intentos.

Durante su mandato, ya que varios vecinos de la villa de San Salvador habían ido a conquistar el territorio de Popocatepet, partiría con varios soldados españoles e indígenas auxiliares a pacificar la actual zona oriental salvadoreña.

[5]​ Ese 1530 Diego de Rojas se encontraba luchando contra un grupo lenca que se había refugiado en el peñón de Usulután (el cual era el volcán de Usulután) cuando se dio por enterado de que había otro contingente de españoles en el territorio lenca que venía desde la gobernación de Nicaragua y era liderado por Martín Estete; fue a investigar y al confirmar esto, fue capturado junto con varios soldados, mientras que los que lograron escapar llegaron a la villa de San Salvador, donde dieron aviso de lo sucedido; pero Estete llegó a la villa y pidió a los habitantes que se unieran a Nicaragua, lo cual negaron; razón por la cual fue a la población de Purulapa (actual San Martín, San Pedro Perulapán y San Bartolomé Perulapía) donde fundó una nueva población llamada la Ciudad de los Caballeros.

Lozano se encargaría de terminar la construcción del primer templo parroquial, y permanecería en ese puesto por varios años.

Hubo poblaciones divididas entre dos o tres encomenderos que no terminaron dividiéndose, como Cojutepeque, Olocuilta, Cuscatlán (actual Antiguo Cuscatlán), (Santa Catarina) Masahuat, y poblaciones que después se extinguieron (Cinacantan, Xalozinagua y Ziguatepeque).

Debido a ello, el ayuntamiento de San Salvador (presidido por los alcaldes ordinarios Pedro Cerón y Antonio Docampo) envió un contingente al mando del capitán Antonio de Quintanilla; que lograría detener el ataque y que las fuerzas indígenas se dispersaron.

[15]​ Al centro de la nueva población se establecería la plaza pública (hoy plaza Libertad), en la manzana al oriente de ella se construiría el templo parroquial (donde hoy está la iglesia El Rosario) que estaría consagrado al Divino Salvador del Mundo; en la manzana ubicada al sur se construiría el cabildo, la estafeta de correo y las cárceles públicas; mientras que en las ubicadas al norte y al sur se dedicarían a la construcción de portales y establecimientos de comercios.

[15]​ Con la traslación de la villa, se movieron también los grupos indígenas (que voluntaria u obligatoriamente) habían acompañado y ayudado a los españoles durante la conquista.

En el siglo XX, Aculhuaca, Paleca y Texincal (que se formó en 1550 por los indígenas que habían sido sirvientes de Antonio Docampo, cuando este decidió regresar a España y les legó sus tierras para que fundasen una población) se unieron formando el municipio de Ciudad Delgado.

[18]​ El 1 de octubre de 1547 el procurador Alonso de Oliveros conseguiría que el príncipe Felipe le diése a la ciudad los medios necesarios para construir un hospital; que vendría a ser el primero en la provincia (y del actual territorio salvadoreño), y que llevaría por nombre Hospital de Santa Bárbara.

Pará ello se trasladó, con algunos oidores, a San Salvador, donde liberó a unos 500 indígenas, aunque también solicitó que se enviasen esclavos africanos.

Además había poblaciones que tributaban directamente a la corona: Tecoluca, Quezaltepeque, Teculucelo (extinta, probablemente ubicada por el área donde posteriormente se formó el municipio de La Palma en Chalatenango), y la mitad de Izucar; estas tendrían un corregidor encargado de recoger los tributos.

[5]​ El 8 de abril de 1549 el presidente de la audiencia Cerrato informó al emperador que había empezado a abrir el camino que uniría San Salvador con Gracias a Dios y Guatemala.

Asimismo, ese mismo año se trasladaría la sede de la audiencia a Guatemala.

[4]​ El oidor Tomás López pasó por la provincia en su camino a Guatemala, y el 21 de diciembre presentó un informe donde daba cuenta del mal estado de la religiosidad en la provincia, por lo que junto con el obispo Marroquin buscó remediar esa situación.

[24]​ Los monjes fray Tomás de la Torre, Vicente Ferrer y Matías de la Paz junto con el oidor Tomás López partieron hacia San Salvador; donde encontraron oposición del clero secular (presbíteros de la ciudad), que fue calmada por el oidor López.

En el transcurso del tiempo el obispo guatemalteco irá nombrando curas que acercaran los sacramentos a los pueblos que tengan a su cuidado.

Asimismo, los indígenas buscarían mantener sus tradiciones y creencias, lo que daría origen a un catolicismo sincrético, mezcla de ritos y creencias europeas e indígenas.

Este aprovechamiento de los indígenas por parte del clero (tanto presbíteros como monjes) era algo común en ese entonces, sobre todo en el clero secular; como puede verse en las reales cédulas emitidas esos años, donde se menciona que en la jurisdicción de la real audiencia los sacerdotes obligaban a los indígenas que les criaran los potros, y que en algunas zonas los curas se habían convertido comerciantes (vendiendo a los indígenas productos de mala calidad a precios altos, y comprándole a preciosa bajos, además de participar en la trata y contrata de cacao).

Para entonces la población indígena más grande era Santa Ana Cihuatehuacán (que a parece en el documento como Aguateocan) con 540 tributarios, seguido por Zacateycolula (Zacatecoluca) con 400 tributarios, y Teculocelo con 300; no se mencionan los tributarios de Panchimalco, Ateos (hoy cantón de Sacacoyo), Istepeque, Opico, y Tecoluca (que era el único pueblo que tributa a a la corona, y por lo tanto tenía un corregidor; que para 1567 era Bernal Díaz del Castillo, quien en ese año fue prorrogado en ese puesto).

Este sería el primer sismo que destruiría a la ciudad.

[34]​[4]​[35]​ En septiembre de 1575, viajó a San Salvador fray Bernardino Pérez, junto con el oidor Loaysa, para elegir el sitio del convento de San Bernardino; señalando para tal fin, el 20 de ese mes, cuatro solares (donde hoy está la plaza San José); dejando a cargo a fray Juan Vico junto con fray Manuel Morato.

[39]​ En 1548 se había incrementado el número de poblaciones encomendadas a los vecinos de San Salvador, debido a que varias poblaciones que antes estaban subordinadas a otras pasaron a recibir el título de pueblo y por lo tanto a tener su propio encomendero; para 1555 tanto las provincia de San Salvador y como la de San Miguel ya se encontraban totalmente pacificadas.