Golpeada por la guerra de los Siete Años, Francia se encontraba ya en paz, y el ministro Turgot —nombrado por el joven rey Luis XVI— redujo el presupuesto del ejército, dejando pocas oportunidades para los jóvenes oficiales como Liniers.
En cuanto regresó a la península, ingresó en la «Real Compañía de Caballeros Guardias Marinas», en noviembre del citado año.
Entre 1779 y 1781 fue oficial del navío San Vicente, perteneciente a la escuadra franco-hispana que luchó contra la flota inglesa.
Santiago Liniers tenía serios problemas económicos, por lo que decidió unirse a su hermano mayor, el conde Enrique Luis Santiago de Liniers, quien fue el principal impulsor de la "Real Fábrica de Pastillas", un proyecto comercial para producir gelatinas y pastillas alimenticias destinadas a prevenir enfermedades como el escorbuto, comunes en viajes largos y contextos con limitado acceso a alimentos frescos.
Estos productos ofrecían una solución práctica para reemplazar carnes saladas y facilitar el transporte marítimo al eliminar la necesidad de embarcar ganado vivo.
Además, el permiso que el conde de Liniers había obtenido para importar 2000 esclavos desde África generó resentimientos entre los comerciantes locales, intensificando las tensiones.
[7] A duras penas, lograron finalmente habilitar la fábrica, pero para pedidos muy limitados, pues aunque desde España la corona lo apoyaba y le hacía pedidos, en Buenos Aires hacían todo lo posible para impedirle cumplirlos.
Estaba ubicada en una quinta en el actual barrio de Almagro, delimitada por las calles Virrey Liniers, Venezuela, Boedo y Belgrano.
Las investigaciones involucraron allanamientos en la fábrica, detenciones y torturas, aunque no se hallaron pruebas sólidas de sedición.
Muchos historiadores, al no conocer los documentos previos a su designación, asumieron que el virrey lo había nombrado por iniciativa propia.
En los considerandos del nombramiento, el virrey dejó bien en claro que la designación se hacía "por ahora y en comisión".
[10] Con respecto a la situación de los indígenas en las Misiones, en su "Memorial al Rey" (1803), formuló propuestas para mejorar su administración:[7] En síntesis, reconoció los abusos que sufrían los indígenas bajo la administración española y sugirió reformas para mejorar su situación, pero siempre bajo un esquema de tutela colonial.
Se sentía desplazado por otros oficiales españoles, pues creía tener méritos para un destino mejor.
Estando en la Ensenada de Barragán se produjo en 1806 la primera Invasión Inglesa, comandada por el comodoro Home Popham.
Así se reclutó en pocos días un ejército de 1600 hombres, encuadrados en las unidades militares con asiento regular en la ciudad.
Ocurrió, entretanto, que los barcos de la escuadra inglesa aparecieron frente a Montevideo, creando una importante amenaza para su seguridad.
Este cruza a Montevideo y de allí se traslada hacia Colonia con dicha fuerza.
El gobierno de Liniers se dedicó casi exclusivamente a organizar tropas para resistir el inevitable contraataque inglés, ya que Beresford había pedido refuerzos.
Liniers colocó una defensa sobre el Riachuelo, en una posición muy mala, pero los ingleses creyeron que era una trampa y lo esquivaron.
Liniers ofreció capitular, pero la ciudad, dirigida por Martín de Álzaga, se negó y decidió resistir.
Inesperadamente, Whitelocke le dio tres días de tranquilidad y se pudo organizar la resistencia.
Hoy en España, este grado no existe pero sería intermedio entre capitán de navío y contralmirante; los británicos lo llaman comodoro.
Ello se debió, en parte, a la protesta que efectuó el propio cabildo de Buenos Aires.
Los líderes realistas continuaron su retirada hacia el norte pero fueron alcanzados por las avanzadas del ejército revolucionario comandadas por Antonio González Balcarce.
Los cadáveres, que se encontraban semidesnudos y con los ojos picoteados por los caranchos, fueron conducidos unos sobre otros en una carretilla de cincha.
El 17 de abril del mismo año llegaron confundidas en una urna y se les efectuaron las exequias.
En junio de 1862, el cónsul español en Rosario expresó en una nota al encargado del Poder Ejecutivo de la Nación, el brigadier general Bartolomé Mitre, la satisfacción del rey por "el homenaje tributado al valor y a la lealtad de los que sellaron con su sangre los juramentos que habían prestado al trono y a la patria" y además pedía que "se pusiesen a disposición del consulado de Rosario los expresados restos mortales para trasladarlos a la Península".
El nombre del libro se debe a que, si bien Liniers no fue en los hechos el último virrey en los dominios españoles de América, sí fue el último nombrado por un rey español y no por una de las Juntas surgidas en España tras la invasión napoleónica.
[21] En la actualidad lleva su nombre una calle que recorre los barrios de Almagro y Boedo.
Frente a esta casa desembarcó Liniers en 1806, reagrupó sus tropas aumentadas por voluntarios del pueblo de Las Conchas (hoy Tigre), descansó y luego partió hacia Buenos Aires.