Pero Paz le estuvo muy agradecido, y lo acompañó en la cárcel de Santa Fe, como su principal contacto con el exterior.

Intentó la expulsión del obispo Lascano, pero este se refugió en La Rioja y desde allí lo excomulgó.

Tuvo problemas con Juan Madariaga, que pretendía casarse con Modesta García de Cossio, con quien Derqui se casó en 1845, y que le daría su primer hijo al año siguiente: Manuel Derqui.

Fue además enviado con frecuencia como interventor a las provincias, donde su prolongada acción le había granjeado conocidos.

La capital entrerriana se estableció en Concepción del Uruguay, y Urquiza fue nuevamente elegido gobernador.

[3]​ El nuevo presidente era un hombre capaz y tenaz, pero se decía que tenía arranques de actividad febril, alternados con períodos de inactividad casi absoluta; incluso se afirmó que despachaba su correspondencia y papeles oficiales desde la cama.

Las relaciones con Buenos Aires, en las que este había desempeñado un papel fundamental como ministro de Urquiza, no eran malas.

Algunos autores han explicado estos gestos amistosos como consecuencia de su común pertenencia a la masonería.

Más trascendencia tendrá esta decisión al tenerse en cuenta el momento histórico elegido para aplicar la citada medida.

La Constitución de 1853 no requería, para ser senador o diputado, una exigencia por nacimiento ni residencia.

Se interpeló no solo el origen y la residencia de los congresales, sino también los intereses políticos en juego en la construcción del Poder nacional.

[7]​ El 16 de noviembre las relaciones con Buenos Aires volvieron a tensarse por la rebelión en la provincia de San Juan, liderada por Antonino Aberastain, que se inició con el asesinato del gobernador José Antonio Virasoro; Domingo Faustino Sarmiento, ministro de Mitre, no solo financió y organizó la revolución, sino que aplaudió el asesinato en la prensa.

[16]​ Pero el 13 de abril, los diputados porteños fueron rechazados por no haber sido elegidos según la ley nacional.

Inmediatamente se retiraron también los senadores electos, y Mitre anunció que no realizaría nuevas elecciones.

[22]​ Mitre se puso al frente del ejército porteño: quería la guerra a toda costa, ya que creía contar con fuerzas suficientes para triunfar.

[23]​ En cambio, Urquiza intentó por todos los medios no llegar a un nuevo enfrentamiento e incitó a Derqui de desistir de la guerra; pero este lo puso al mando del ejército nacional.

[25]​ El 17 de septiembre tuvo lugar la batalla de Pavón; las fuerzas porteñas estaban mejor armadas y más disciplinadas que las nacionales, y su inferioridad numérica no parecía excesiva: 15 400 porteños contra 17 000 nacionales.

[27]​ Mitre se retiró hacia San Nicolás, como dos años antes; sólo varios días después se convenció de su triunfo, no debido al resultado bélico sino a la retirada de Urquiza.

[32]​ Varios gobernadores desconocieron al gobierno nacional,[33]​ y entre los primeros estuvo Urquiza, que declaró la ciudad de Paraná reincorporada a su provincia y entregó la escuadra nacional al gobierno de Mitre.

Cuando la ciudad fue reconquistada por las tropas argentinas, volvió a la cárcel por sospechoso de haber colaborado con la invasión.

Quizás por la imposibilidad de sufragar los gastos del funeral, sus restos permanecieron varios días insepultos[36]​ hasta que una moción popular logró que se le enterrase en el cementerio de Corrientes.

Actualmente hay una avenida con su apellido en Parque Avellaneda y también una localidad del Gran Buenos Aires.