Por la rama materna, Elizalde fue también descendiente de vascos, aunque tuvo por ese lado un abuelo realista.

Nunca aceptó el casamiento de su hija Petrona con el patriota que lo sitió en Montevideo.

[5]​ Otros autores afirman que una indignada misiva a Diógenes de Urquiza cuando se estaba preparando el Pronunciamiento del año 1851 estaba orientada a engañar la vigilancia de los rosistas, ya que íntimamente habría compartido las ideas del caudillo entrerriano.

Durante las violentas elecciones de 1857, fraguó una acusación de conspiración contra la oposición federal[3]​ y cerró seis diarios opositores; esa fue su principal actividad en ese período, con lo que consiguió un lugar como senador provincial.

El presidente Bernardo Berro se quejó al gobierno argentino del apoyo oficial a la invasión, pero Elizalde contestó, que el gobierno argentino era neutral y no ayudaba oficialmente a Flores, y que las armas eran "vendidas por particulares", aunque la realidad era que habían sido pagadas por el gobierno argentino.

Cuando el ejército uruguayo capturó un barco argentino que estaba descargando armas, Elizalde exigió la devolución del barco y de las armas, una disculpa oficial y el arresto del oficial que había hecho la captura; Berro no respondió al abuso.

[10]​ Los brasileños sitiaron a Montevideo desde el río y el ejército de Flores hizo lo mismo desde el Cerrito, consiguiendo la rendición del gobierno legal.

[12]​ Por toda respuesta, este declaró la guerra al gobierno de Buenos Aires.

[13]​ Unos días más tarde, Elizalde firmó con los representantes de Brasil y Uruguay el Tratado de la Triple Alianza, que en su parte pública declaraba que se estaba en guerra contra López, no contra el Paraguay.

[16]​ En 1867, Elizalde dio un paso crucial en su carrera al lanzar su candidatura presidencial, aunque esta decisión iba en contra de la realidad política del momento.

El presidente provisional Marcos Paz se sentía sin autoridad suficiente y exigió el regreso del presidente desde Paraguay, quien en ese momento recibía el consejo de Elizalde en relación con la crisis.

Finalmente, Mitre retornó en febrero de 1867 y permaneció en Buenos Aires, logrando sofocar la rebelión.

En julio, volvió al frente de batalla, dejando la situación política bajo control.

Si termina antes de la elección, y bien, como ya se tiene certeza, no habrá lucha con algunas candidaturas”.

Elizalde no logró contrarrestar la propaganda “patriótica” desplegada por sus adversarios, que criticaban su cercanía con Brasil y señalaban que su esposa, aunque descendiente del General Juan Lavalle, pertenecía a una familia diplomática brasileña.

La fórmula Sarmiento-Alsina obtuvo 79 votos, seguida por Urquiza con 26, Elizalde-Wenceslao Paunero con 22, Guillermo Rawson con 3 y Dalmacio Vélez Sarsfield con 1.

Tanto Mitre como Elizalde regresaron a la vida civil, y en este contexto se fundó el diario La Nación como una herramienta para la lucha cívica.

Esta nueva fuerza política se fusionó con el Partido Autonomista mediante un pacto electoral con Adolfo Alsina y recibió el respaldo de federales y políticos del interior que resistían la influencia porteña.

Las fuerzas revolucionarias lideradas por Mitre fueron derrotadas por el gobierno, y sus dirigentes fueron sometidos a consejo de guerra.

Al año siguiente, el autonomismo disidente presentó la fórmula Aristóbulo del Valle-Leandro Alem para las elecciones de gobernador de Buenos Aires, pero fueron derrotados por la fórmula conciliadora Carlos Tejedor-José María Moreno.

La designación de Rufino de Elizalde en el gabinete tenía un objetivo estratégico: ejercer una vigilancia política sobre el presidente Avellaneda y sus asesores, para evitar que estos sometieran al electorado a la influencia del oficialismo.