Este ferrocarril sigue, desde Linares, el curso del río Guadalquivir hacia Andújar, Córdoba y Sevilla.
Una vez satisfecha la conexión con Cádiz, los ferrocarriles a Málaga y Granada fueron los siguientes en inaugurarse.
Esta ramificación parte de Córdoba hacia el sur por Montilla y Puente Genil hasta entrar en la estación de Bobadilla, donde se divide a su vez en vías hacia Málaga y Granada.
Diversos ramales fueron construidos en las siguientes décadas para llegar al resto de capitales andaluzas a partir del ferrocarril Madrid-Cádiz, como Linares-Guadix-Almería y Sevilla-Huelva-Ayamonte.
La Junta de Andalucía salva del cierre algunas líneas deficitarias como la Sevilla-Granada o las salidas a Extremadura.
Tras la puesta en servicio de la alta velocidad, las obras avanzan para integrar el ferrocarril en las ciudades andaluzas.
El gobierno de José María Aznar soterra las vías del tren en Cádiz, e inicia las obras de la alta velocidad a Málaga, que culminan en 2007, ya con José Luis Rodríguez Zapatero en el poder.
La Junta de Andalucía inició las obras del Eje Ferroviario Transversal y el Corredor de la Costa del Sol, pero debido a la crisis económica iniciada en 2008 acaba renunciando a concluir estos proyectos.
El gobierno de Mariano Rajoy también suprime varios servicios deficitarios, dejando sin tráfico de viajeros la línea convencional Córdoba-Bobadilla, y el trayecto Linares-Granada que queda sin servicios diurnos.
Se salvaron de la eliminación, una vez más, los trayectos entre Andalucía y Extremadura.
El tiempo mínimo empleado por estos trenes para recorrer los 471 kilómetros es de 2 horas y 15 minutos.
En la actualidad, los servicios son prestados por la compañía Renfe Operadora y por Iryo.