Esta estación constituye un importante nudo ferroviario en el que se cruzan varios trazados, como las líneas férreas de alta velocidad Córdoba-Málaga y Antequera-Granada.
[2] En la actualidad la estación constituye un importante nudo ferroviario, que dispone de conexiones con Ronda, Algeciras, Málaga, Granada, Córdoba o Sevilla.
El servicio AVE Madrid-Málaga se realiza en 15 ocasiones al día en ambos sentidos, parando en Antequera-Santa Ana en cuatro de estas.
El servicio AVE Granada-Madrid se realiza en varias al día en ambos sentidos, parando en Antequera-Santa Ana.Los trenes Altaria que comunican Madrid con Algeciras efectúan parada en Antequera-Santa Ana, y cambio de ancho en el cambiador de la estación.
El servicio Avant Sevilla-Córdoba-Málaga se realiza en 6 ocasiones al día en ambos sentidos, parando siempre en Antequera-Santa Ana.
Desde junio de 2013 todos los trenes del trayecto convencional Sevilla-Almería (línea 68) y Algeciras-Granada (línea 70) realizan parada en Antequera-Santa Ana, enlace con trenes de alta velocidad (AVE) con destino a Madrid y Barcelona.