Se aprovecharán 30 kilómetros del trazado de la línea convencional entre Quejigares y Tocón.

Entre ambas llanuras el terreno es mucho más complicado, en especial en Loja donde en valle del río Genil se estrecha hasta el punto de que la ciudad ocupa todo el terreno llano disponible.

Desde entonces ambas líneas discurren separadas, bordeando el terreno, hasta después de Loja.

El trazado bordeando la Vega de Granada por el norte es diferente a que utiliza la autovía A-92, que con el mismo recorrido circula por el centro de la vega, junto al río Genil.

A estas se añadiría una nueva estación de Granada situada en el mismo lugar que la actual.

[7]​ Se previó que en esta nueva configuración, la línea Antequera-Granada necesitaría ser desdoblada en 2032.

Los diferentes tramos en los que se divide la obra fueron licitados y adjudicados a partir de 2006.

Los primeros años de obras se encontraron con varios problemas que obligaron a modificar el trazado inicialmente previsto.

En el entorno de Antequera la traza pasaba sobre unos restos arqueológicos que obligaron a reiniciar el tramo.

Hubo que abandonar todo el trazado previsto al norte de Loja y plantear uno nuevo al sur, en el entorno de la autovía A-92, que suponía modificar unos 20 kilómetros del trazado inicialmente previsto y no poder aprovechar parte del tramo reformado de la vía convencional.

[9]​ Además, el coste sería mayor y obligaría a situar la nueva estación de Loja mucho más lejos del casco urbano.

[17]​ El coste total previsto se sitúa en torno a los 1.410 millones de euros.