Las tres líneas así como el conjunto de la estación pertenece a Adif.

Comercialmente en la estación sólo opera la empresa Renfe a través de sus servicios AVE, Alvia, Intercity, Media Distancia y Regional Exprés.

Inicialmente se estableció un edificio provisional para atender a los viajeros, si bien este alargaría su existencia durante cuatro décadas.

No obstante, el desvío no ha resultado como la mejor opción, puesto que la estación se encuentra a más de 5 km del centro histórico, y eso obliga a transportes de desplazamiento cómo el autobús urbano o el taxi, con el correspondiente gasto de transporte.

Actualmente, la antigua estación situada al suroeste de la ciudad —la antigua Burgos-Avenida—, se encuentra rehabilitada como centro de ocio infantil y juvenil, así mismo el antiguo depósito de locomotoras (El hangar), ha sido rehabilitado como centro musical, donde se organizan conciertos, actuaciones musicales.

Gran parte del trazado ha sido completamente desmantelado y reconvertido en un bulevar Ferroviario, con una travesía compuesta por varias calles y avenidas que abarcan desde el Barrio del Pilar hasta el polígono de Gamonal-Villímar, sus alrededores continúan en un proceso de urbanización.

No obstante, quedan algunos restos como las antiguas naves de mercancías anexas a la estación que se encuentran en un grave estado de deterioro, y en os primeros 5 km del antiguo trazado todavía quedan restos del balasto donde se asentaban las vías.

Los requisitos (no oficiales) eran que fuese un nombre de mujer, no vinculado a ninguna fe religiosa concreta y que guardase relación con la ciudad de Burgos.

En la superior se encuentra el acceso a los andenes y también locales disponibles para posibles futuros comercios u oficinas.

Los andenes se hallan al aire libre, cubiertos por una gran marquesina ondulada.

También dispone de dos trenes AVE diarios por sentido en días laborales con Destinos Valencia y Murcia.