A mediados del siglo XIX, la política exterior de los Estados Unidos se encontraba marcada por un claro interés expansionista.
Se ha calculado, como mínimo, al menos la participación de 5000 hombres en expediciones filibusteras durante este turbulento periodo.
Luego de la entrevista con Cole, Soulé concibió e impulsó un nuevo proyecto denominado "Federación Caribe", mediante el cual se proponía que los Estados Unidos tomara posesión de la cuenca del Caribe usando a Nicaragua como base, utilizando para ello a organizaciones militares privadas.
Las actividades filibusteras en Nicaragua eran ilegales a los ojos de la administración federal estadounidense, aunque eran apoyadas solapadamente sobre todo entre los representantes sureños.
Así, aunque se sucedieron diversos golpes para derrocar al gobernante de turno, el medio sociopolítico en que vivía la población era relativamente pacífico.
Las medidas preventivas aplicadas por Juan Rafael Mora iban destinadas a poner al Ejército bajo la autoridad civil del Ejecutivo y así fortalecerlo.
En 1852, se nombró al coronel polaco Fernando von Salisch como jefe instructor del ejército, con la misión de profesionalizar las fuerzas armadas y entrenarlas en el tiro con puntería a diferentes distancias.
[26] Cada soldado raso costarricense iba armado con un fusil con bayoneta, mientras que los oficiales de caballería llevaban sable y revólver.
Había algunos cuya motivación era religiosa, pues creían que debían llevar la evangelización a la población centroamericana,[cita requerida] mayormente católica.
Entre este grupo predominaban europeos, principalmente alemanes y franceses, que habían participado en las revoluciones liberales de sus países en 1848.
Entre estos se hallaban también cincuenta cubanos exiliados en Nueva York luego del fracaso de la rebelión contra el régimen colonial español en Cuba en 1851.
Una vez en Nicaragua, los nuevos colonos se establecían en el sur del país, en la zona dominada por los hombres de Walker.
Los filibusteros que no vivía en Granada, habitaron en otras ciudades como Masaya, Rivas, Managua, San Carlos, León y Matagalpa.
Durante la ocupación de Nicaragua, el régimen filibustero logró mantener algunas instituciones estatales, en las cuales los funcionarios eran tanto extranjeros como nicaragüenses.
También, algún sector de la élite granadina estableció lazos matrimoniales con los filibusteros, aunque parece ser que la alta sociedad nicaragüense rechazaba estos enlaces.
Un grupo importante decidió apoyar incondicionalmente al presidente, entre los que figuraban miembros de las familias Rohrmoser, Lutschauning, Carmiol, Johanning, Pape, Luthmer, Pauly, así como los médicos Hoffman, Ellenbrock y Braun.
[35] Al atardecer del 20 de marzo, el coronel Salazar dio la orden y las tropas costarricenses avanzaron hasta llegar casi a los corrales.
Posteriormente, Cañas intentó tomar las casas del lado sur de la ciudad, pero fue violentamente recibido por las fuerzas filibusteras apostadas en la plaza y la iglesia.
Se presentó un primer voluntario, el teniente cartaginés Luis Pacheco Bertora, que fue herido de tres balazos sin lograr su cometido.
Al despuntar el alba, el alto mando costarricense, que no se había percatado de la furtiva retirada nocturna, dio la orden de tomar la plaza y atacar la iglesia, pero solamente se encontraron entre 20 y 40 filibusteros heridos, que fueron muertos a bayonetazos por los soldados costarricenses.
[41] La presencia del cólera morbus, enfermedad infecto-contagiosa producida por el bacilo Vibrio cholerae, había provocado ya dos pandemias desde su aparición en la India en 1817.
[41] Dado que en esa época no se conocía la existencia de los microorganismos, descubiertos por Robert Koch hasta 1870-1890, era imposible para los médicos imaginar el origen del contagio.
El resto del Ejército se trasladó por tierra desde Rivas, estableciéndose un cordón sanitario en Sapoá, bajo pena de muerte para quien lo atravesase.
[42] En Liberia, que había sido evacuada, falleció el barón Von Büllow, a consecuencia de disentería e inanición.
El Granada era un barco costarricense originalmente llamado San José, que en junio de 1855 había sido capturado por los filibusteros y rearmado con doce cañones.
[49] Setenta y nueve costarricenses, incluyendo al padre Godoy, murieron en el combate o se ahogaron, mientras que los filibusteros perdieron 18 tripulantes.
[50] Una vez que Costa Rica reanudó la Campaña Nacional, el Ejército Expedicionario fue dividido en dos unidades: la primera, conformada por 700 hombres y a cargo del general José María Cañas, marchó hacia Nicaragua por Guanacaste, mientras que la otra, llamada División de Vanguardia y formada por 200 soldados, lo hizo por las llanuras de San Carlos hacia el río San Juan.
En un lugar conocido como el Estero de La Bruja, la embarcación que llevaba la artillería se hundió por una violenta tempestad.
Por su parte, los Aliados tuvieron el mayor número de bajas en los plátanos cuando fueron atacados con proyectiles que causaron mucho daño entre los costarricenses.
De acuerdo al informe del general Charles Henningsen, en total fallecieron unos 1000 filibusteros durante toda la guerra, ya fuera en combate o por enfermedades.