Fue el segundo hijo del matrimonio entre Camilo Mora Alvarado, exmilitar español convertido en comerciante, y Ana Benita Porras Ulloa.
Fruto de su matrimonio nacieron cinco hijos: Francisco (1844), Mercedes (1846), Manuel Joaquín (1847), María Dolores (1857) y Ana Benita (1858).
Entre 1851 y 1854, promovió la adquisición de armamento moderno, dedicado a fortalecer el ejército.
Tras el golpe de Estado de 1859, acompañó al exilio a Juan Rafael y al general José María Cañas a El Salvador.
Luego de que Juan Rafael Mora y José María Cañas fueran fusilados, José Joaquín Mora fue exiliado de nuevo a El Salvador, donde murió dos meses después.