Posteriormente hubo indicios de que participaba en una conspiración contra el presidente Juan Rafael Mora Porras, por lo que se le separó de la comandancia y se le expulsó del país sin juicio.
Al iniciarse la guerra contra los filibusteros, Juan Rafael Mora Porras presidente de Costa Rica lo incorporó al estado mayor y marchó con el ejército a Nicaragua.
“El general Quirós ha encontrado en la jornada del 11 una gloriosa muerte, cumpliendo una orden que le mandé ejecutar.
“Al asociarme a la justa pena que le haya causado a usted, tan sensible pérdida, deseo le sirva de consuelo la circunstancia de haber su esposo terminado noblemente su carrera entre las filas de un ejército que cumple con la heroica misión de liberar a Centroamérica de sus invasores.
Tan honroso título de honor para los hijos del General, constituye para la Patria una deuda sagrada que sabrá satisfacer.” “Ruego a Ud.